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《胆固醇损伤内皮细胞差异表达基因的生物信息学分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、CN4321262/R中国动脉硬化杂志2005年第13卷第3期259[文章编号] 100723949(2005)1320320259204·实验研究·胆固醇损伤内皮细胞差异表达基因的生物信息学分析彭瑾瑜,朱勋,唐蔚青1,王抒1,黎健1,王仁,郭芳,刘俊文,杨向东(南华大学心血管病研究所,湖南省衡阳市421001;1.北京医院卫生部老年医学研究所,北京市100730)[关键词] 病理学与病理生理学; 胆固醇损伤内皮细胞差异表达基因的分析; 生物信息学分析; 动脉粥样硬化; 内皮细胞; 胆固醇; 细胞色素氧化酶亚基
2、Ⅱ[摘 要] 目的 利用差异表达基因克隆方法(抑制消减杂交)获得大量的动脉粥样硬化相关候选基因和表达序列标签后,探讨如何进行后续基因表达及功能的研究。方法 利用Internet网络上的数据库及生物学分析软件对胆固醇损伤内皮细胞后获得的差异表达基因进行核酸序列和蛋白质序列分析,探索差异表达基因克隆后的研究方法和思路。结果 通过电子延伸得到一个684bp的全长cDNA序列;通过核酸序列分析,该序列定位在线粒体基因组的7587位～8270位,含有一个完整的开放阅读框,编码与氧化磷酸化相关的9个亚基。对其中一个亚基细胞
3、色素氧化酶Ⅱ(COX2)分析得知,细胞色素氧化酶Ⅱ基因编码一段25.6kDa的弱酸性的信号锚蛋白,细胞色素氧化酶Ⅱ蛋白的三维结构是一个典型的椅式结构,它含有一段疏水区域,一个跨膜结构域和一个胞质结构域。运用蛋白的进化分析,得知细胞色素氧化酶Ⅱ蛋白胞质结构域的氨基酸序列在进化过程中高度保守。结论 生物信息学技术是一种高效的获取疾病相关基因信息的方法,利用生物信息学方法对细胞色素氧化酶Ⅱ基因进行分析,获得了基因及其编码蛋白的相关信息,该蛋白参与电子传递,可能与细胞的氧化应激有关。[中图分类号] R363[文献标识码
4、] ABioinformaticAnalysisofDifferentiallyDisplayedGeneinHumanEndothelialCellIn2ducedbyCholesterolPENGJin2Yu,ZHUXun,TANGWei2Qing1,WANGShu1,LIJian1,WANGRen,GUOFang,LIUJun2Wen,
andYANGXiang2Dong(InstituteofCardiovascularDisease,NanhuaUniversity,Hengyang421001;1.
5、DepartmentofBiochemistry,BeijingInstituteofGeriatrics,Beijing100730,China)KEYWORDS BioinformaticsAnalysis; Atherosclerosis; EndotheliumCell; Cholesterol; CytochromeCOxidaseSubunitⅡGene; DifferentiallyDisplayedGeneABSTRACT Aim Tostudythelargeamountofdiffere
6、ntiallydisplayedgenesandexpressedsequence2tags(EST)ob2tainedbygenecloneisadifficultproblem. Itisimportanttoexploitnewmethodsforfurtherstudy. Methods ESTwereacquiredfromhumanumbilicalveinendothelialcellsinducedbycholesterolbysuppressionsubtractivehybridizati
7、on(SSH).
Bioinformaticsanalysisofatherosclerosisrelatedgeneswasdonebythebioinformaticaldatabasesandbio2softwaressuchasBLAST,
ExPasyanalysesoftbox,DNAMANsoft,BioEditsoftandRasMolsoft. Results Weobtaineda684bpcompletecDNAse2quencebyelectronicclone,whichwasho
8、mogeneoustocytochromeCoxidasesubunitⅡgene(COX2). ThecompletegenomeofCOX2sitedinhomosapiensmitochondrion,andincludedacompleteopenreadingframe(ORF)coding227aminoacids. Theanalysisofitsproteinseque
