生物质谱作为snp分型检测方法的研究

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1、第"/卷第/期质谱学报U?CD"/V?D/"##$年&#月K?LM;:C?NO=B;PQPR:QQSTPE@M?AP@M9S?EBP@9WE@D"##$生物质谱作为XYZ分型检测方法的研究杨何义&2"2蔡耘&2王杰$2周钢桥&2"2贺福初&2钱小红&2F-&D军事医学科学院放射医学研究所基因和蛋白组2北京&##+G#("D国家人类基因组北方研究中心2北京&##&’,($D军事医学科学院国家生物医学分析中心2北京&##+G#0摘要!利用改良的RBCCPM法从人血中提取人类基因组[V.采用聚合酶链式反

2、应-]?C9APM:QPE=:B;MP:E%@B?;2]O^02对含有单核苷酸多态性-SV]0点的[V.片段进行扩增2然后用O_]和H?‘_去除掉]O^体系中剩余的脱氧核糖核苷三磷酸-aVb]0和引物2最后用单碱基延伸反应获得SV]位点处碱基类型用基质辅助激光解吸电离%飞行时间质谱-R.c[_%bWdRS0或电喷雾电离%四极杆飞行时间质谱-HS_%eIbWdRS0检测延伸产物与未延伸引物间的分子量差异2确定该点处碱基对不同的生物质谱检方法以及生物质谱检测方法与其它检测方法的优缺点进行了分析比较

3、关键词!质谱学(单核苷酸多态性-SV]0分型(基质辅助激光解吸电离%飞行时间质谱-R.c[_%bWdRS0(电喷雾电离%四极杆飞行时间质谱-HS_%eIbWdRS0中图分类号!W,G’D,$(eG"/D$文献标识码!.文章编号!&##/%"))’-"##$0#/%//)%#’截止到现在2人们已经知道包括人类在内的方面!首先在基因组序列上找到单核苷酸多态性几十种生物体基因组[V.序列2接下来的工作位点2即SV]作图-SV]A:TTB;<0(其次2在大重点将转移到对基因组[V.序列进行多态性量的样本中测

4、定每一个SV]的等位频率2即研究2最终弄清生物体生物学性状差异的遗传基SV]分型-SV]

5、成的g&h由于SV]具有高密度i高稳定性和正常人群i不同种族人群等等02这往往需要对等特点2使得它成为继限制性片段多态性和微卫成千上万个样本进行分析2工作量非常巨大2因星多态性之后的新一代遗传标记物2在解释多基此急需一些高通量i低成本的SV]分型技术2以因病遗传途径i药物基因组学i法医学和进化遗满足这一需求传学等方面有着非常重要的作用SV]的研究生物质谱的发展基于"#世纪+#年代产生已成为当前功能基因组研究中的一个新的热点的一些新的软电离方式2包括电喷雾电离质谱领域对单核苷酸多态性研究一般包

6、括以下几个-HCPE@M?QTM:9_?;Bj:@B?;%R:QQSTPE@M?AP@M92收稿日期!"##$%#"%&’(修回日期!"##$%#)%#)基金项目!*十五*+,$计划资助项目-"##&..""/#&&0作者简介!杨何义-&)’/102男-汉族02山西闻喜人2在读博士研究生2药物分析专业345678!9:;<=万方数据9>=?@A:BCDE?AF通讯作者!钱小红2教授2电话!#&#%,,)$"#"G2H%A:BC!IB:;==>;BEDJABD:EDE;e_]质谱学报第=e卷!"#$%

7、"&和基质辅助激光解吸电离质谱’%($括上游引物和下游引物&:]R]_单位’a&T3)")(*)*+,$-..+.)/01(./*2/.3*4)+35#35+6()+35$%(..B(F2@-聚合酶:YR]883K%‘WK=:Y]]^83K脱"4/7)*38/)*9:%-12#$%"&等:使得生物质谱氧核糖核苷三磷酸’0@BA.&:b反应XOJJ/*?反能用于分析高极性;难挥发和热不稳定性生物大应条件为Mc_d_8+5’活化2@-聚合酶&:ce分子<=>?由于生物质谱具有快速;准确;灵敏;高d变

8、性Y].:__R_d退火Y].:f=d延伸Y].:通量等特点:在功能基因组领域得到充分的应进行Y_个循环?AWI产物用=R]g琼脂糖凝胶用?目前国外已有诸多文献报道生物质谱在电泳检测?"@A分型方面的应用:主要是采用%-12#$GR[RS去除未反应的引物和脱氧核糖核苷三磷BCD%"?本工作中拟建立用%-12#$BCD%"酸’0@BA.&于AWI反应体系中加入R_单位进行"@A分型:希望尝试!"#$EFBCD%"在’a&小牛碱性磷酸化酶’W#A&和单位’a&核酸"@