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《基于基因重测序信息的大豆基因靶向caps标记开发》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、作物学报ACTAAGRONOMICASINICA2009,35(11):2015−2021http://www.chinacrops.org/zwxb/ISSN0496-3490;CODENTSHPA9E-mail:xbzw@chinajournal.net.cnDOI:10.3724/SP.J.1006.2009.02015基于基因重测序信息的大豆基因靶向CAPS标记开发*束永俊李勇柏锡才华纪巍朱延明东北农业大学生命科学学院,黑龙江哈尔滨150030摘要:为了开发大豆基因靶向的功能分子标记,本研究采用生物信息
2、学方法分析了大豆基因重测序数据,筛选出酶切位点突变的SNP位点,设计PCR引物163对,选用东北地区主栽品种绥农14的DNA为模板进行PCR扩增,其中139对引物获得大小为400~1200bp的特异片段。以大豆绥农14、合丰25、Acher、Evans、Peking、PI209332、固新野生大豆、科丰1号和南农1138-2的DNA为模板,采用筛选的139对引物进行PCR扩增,对扩增产物进行酶切分析,发现73对引物的PCR产物具有酶切多态性,开发出CAPS标记73个。通过功能注释分析发现,这73个CAPS标记靶
3、向的基因主要参与细胞内亚细胞定位过程、蛋白质的结合与催化以及代谢过程等,与大豆重要农艺性状的形成相关,可以用于大豆品种的鉴定和分子系统进化的研究。关键词:大豆;重测序数据;单核苷酸多态性;酶切扩增多态性序列;基因靶向功能标记DevelopmentofSoybeanGene-DrivenFunctionalCAPSMarkersBasedonGeneResequencing*SHUYong-Jun,LIYong,BAIXi,CAIHua,JIWei,andZHUYan-MingCollegeofLifeScien
4、ces,NortheastAgriculturalUniversity,Harbin150030,ChinaAbstract:Singlenucleotidepolymorphism(SNP)isakindofimportantmolecularmarkersduetoitshighdensityandcodomi-nance.AquantityofresequencinginformationinthepublicdatabasemakesitpossibletodevelopSNPmarkersbybioi
5、nformaticstechnique.Cleavedamplifiedpolymorphismsequences(CAPSs),alsoknownasPCR-RFLPmarkers,canconvertsthemappedRFLPmarkerstoPCR-basedmarkers,andhasbeenwidelyusedingenotyping,map-basedcloning,andmolecularidentification.Todate,althoughmorethan1800markershaveb
6、eenintegratedtoasoybean(Glycinemax)genomemap,themarkerdensitycannotmeettherequirementsofgeneticandbreedingstudies.Todevelopmoreapplicablemarkersforthegeneticlinkagemapofsoybean,thisstudyfocusedondevelopinggene-drivenfunctionalmarkersbymeansofusingbioinformat
7、icstechnique.Atotalof163pairsofprimerweredesignedtodetectSNPs,ofwhich139pairsamplifiedsinglebandinSuinong14genomewithsequencelengthrangingfrom400to1200bp.TheseprimerpairswerefurtherusedforPCRamplificationusingthetemplatesofgenomicDNAfromninesoybeanvarieties,
8、i.e.,Suinong14,Hefeng25,Acher,Evans,Peking,PI209332,Guxinwildsoybean,Kefeng1,andNannong1138-2.ThePCRampliconsweredigestedwithdifferentrestrictionendonucleases,and73ampliconsshowedpolymorphismamo
