中国汉族人群散发性帕金森病易感基因的全基因组关联分析

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1、南昌大学硕士学位论文中国汉族人群散发性帕金森病易感基因的全基因组关联分析姓名：胡雅坤申请学位级别：硕士专业：神经病学指导教师：徐仁伵20120526摘要目的：对散发性帕金森病(SporadicParkinson’Sdisease，SPD)患者做全基因组关联分析研究(genome．wideassociationstudy，GWAS)，获得易感基因位点，探讨风险基因的多态性是否与SPD相关，国内外SPD易感基因是否存在差异性，初步阐明风险基因的多态性在SPD发病机制中的作用。方法：对照组(健康成人组，n=200)，病例组(SPD确诊患者组，n--

2、200)，收集分析患者临床资料，抽取外周静脉血，分别提取DNA，行DNA浓度与光密度测定，基因芯片扫描，数据结果分析，pmhway分析，找出与SPD相关差异有显著统计学意义的基因位点。结果：①经临床资料分析，病例组平均发病年龄(59．3+10．8)岁，40岁以前和80岁以后发病少见，男女发病比例1．1：1；对照组平均年龄(59．8+11．6)岁，男女比例1．6：1；②通过质量控制的有基因诠释信息的SNPs位点864108个，无基因诠释信息的SNPs位点7873个；⑧验证国内外已报道过的SPD易感基因：PARK2(rs9355958，rsl25

3、26148，rs9365352)、LRRK2(rsl0506151)、SNCA(kgp9010977)基因；④pathway分析发现3个通路可能与SPD相关，共199个基因；⑤发现新的可疑SPD风险基因位点：细胞凋亡通路中IRF2(rsl0520563)、MAP2K4(rsl6946068)、R～SLG(rs2077690)、RIPKl(kgp7992710)、CRADD(kgp5340584)、PIK3R1(rs6866288)基因，线粒体基因表达通路中PPARGClA(rs618283)基因，线粒体脂肪酸p．氧化作用通路ACSLl(kgp

4、7557877)基因。结论：经DNA混合池基因芯片杂交试验及数据分析、pmhway分析的GWAS研究，验证了国外已发现的SPD易感基因，并且发现新的可疑的SPD易感基因。说明一些易感基因可存在于不同种群，并且对疾病发生具有重要作用；我们中国汉族人群中还可能存在异于欧美人群的SPD易感基因。这对今后进一步研究SPD发病机制可能起到重要作用。关键词：中国汉族；散发性帕金森病；全基因组关联分析；pmhway分析IIAbstractABSTRACTObjective：Inordertoidentifygeneticrisklociwithsporad

5、icSporadicParkinson’Sdisease(SPD)wehaveconductedagenome-wideassociationstudy(GWAS)，Discusseswhetherthesinglenucleotidepolymorphisms(SNPs)ofgeneticriskassociatedwitllSPD，SPDsusceptibilitygenes，whetherthereisathomeandabroadandthedifferencesandpreliminaryclarifytheroleoftheSNP

6、sofgeneticriskinSPDpathogenesis．Methods：Theclinicaldatesandperipheralvenousbloodof200casesofconfirmedSPD、200controlsofhealthywerecollected．WestatisticalanalyzedtheclinicalrecordsofSPD，extractingDNArespectively，determinationDNAconcentrationandopticaldensity(OD)，genechipscann

7、ing，dataanalysis，pathwayanalysis，findoutandthereisasignificantdifferenceSPDrelatedstatisticalsignificancegenetic．Results：@Themeanageatonesetof200caseswas59．34-10．8years，onsetbefore40yearsandafter80yearswasless．Maletofemaleratiowas1．1：1；Themeanageatonesetof200controlswas59．8

8、+11．6years．Maletofemaleratiowas1．6：1：②Throughthequalitycontrol，864108SNPshaveinfor