est序列分析系统的建立及在日本血吸虫基因组研究中的应用

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1、息学策略编写程序控制EST自动延伸；建立本地化rlr数据库，对延伸结果进行蛋白库同源性分析，编写程序实现对成批数据大规模自动分析；分析结果报表，研究只本皿吸虫(中国大陆株)成虫的基因组结构及其特异性表达特点，并寻找新基因和具有药物和疫苗潜力的候选基因。结果：完成EST序列延伸体系，编写序列模拟EST生成程序，对延伸体系进行测试评估，结果分析显示：延伸体系规则有效；序列延伸的效果受数据库包含的ESTs的覆盖度和错误率的影响；完成EST序列自动分析系统，对552条EST进行自动分析，延伸结果序列与原始序列高度同源，487条得到不同程度的延长，在序列对nr库联配检索结果报表中显

2、示，有104条EST原始序歹U检索无同源性，但经过延伸后获得高度同源性的联配序列信息。根据延伸结果分析基因表达谱，筛选出27个可能新基因。结论：构建了有效的电子延伸体系；建立了日本血吸虫EST序列自动分析系统；该系统为基因表达谱的分析，可能新基因的筛选提供重要的参考信息；也可为将来血吸虫疫苗研制、新药开发提供信息平台；该数据平台的构建思路也可为其它物种的生物序列分析提供借鉴。关键词：EST，电子延伸，序列分析，日本血吸虫，生物信息学CreationofESTAuto—AnalysisS)’stemandApplicationintheGenomeStudyofSchist

3、osomajaponicumMasterCandidate：LiuFlantengSupervisor：Prof．ZouSaideDepartmentofBiomedicalEngineering，ZhongshanMedicalCollegeofSunYat-SenUniversity，510089Abstract“Expressedsequencestags”(EST)arepartialsequencesofcDNAclone．Theycanprovidetagsrelatedtogenes’expression．SoESTapproachprovidesagrea

4、tefficientmethodtosearchfornovelgenes，studythegeneexpressionprofileandtheregulationinformation．ResearchintogenomeofSchistosomainitiatedin1992，andtheSchistosomaGenomeProject(SGP)hasbeenlaunchedoutbyWHOsince1995，inordertocollectthedataofphysiologicalfunctions，immunityanddrug-resistancemecha

5、nismofSchistosoma，andtogroundthesearchingfornovelchoicevaccinemoleculanddrugtarget．ThemainstrategyandtechniqueintheresearchofgenomeofSchistosomaisthemethodofESTUptoApril2004，thereareabout185000SchistosomaESTsthathasbeenloggedoninGenbank．withwhichtherearemorethan45900ESTsofSchistosomajapon

6、icum．Intheperiod，theESTdatahasincreasedgreatly,andmillionsofESTsfromallkindsofspecieshasbeenloggedontheNCBI，howeverthespringanddevelopmentofBioinformaticscanprovidethepossibilitytoanalyseandutilizethehugebiologicalinformationeffectively．Inthisarticle，weutilizesharedresourceofmedicalinform

7、atics，suchassequenceanalysissoflwares，publicsequencesdatabaseandSchistosomajaponicumESTdatabase，toconstructastand—aloneESTauto-analysissystem．Withthissystem，wecanelongatetheESTsequences，performhomologycompareandsoon．Accordingtotheanalysisresult，wecanstudythegeneexpr