基于基因组学的日本血吸虫序列分析平台的构建及应用.doc

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1、基于基因组学的日本血吸虫序列分析平台的构建及应用编辑。作者：刘稳升，胡斐，吕志跃，郑焕钦，袁衡新，吴忠道【摘要】【目的】构建基于基因组学的日本血吸虫序列分析平台。【方法】基于工作站和Linux操作系统，利用公开的日本血吸虫或相关资源，收集有关生物信息学序列分析工具，并自行编写相关软件实现多种资源的有机整合。【结果】构建了本地化的日本血吸虫序列分析平台，在此基础上，自主设计了日本血吸虫EST序列的电子延伸系统、基于日本血吸虫EST数据库的同源全长cDNA序列检索系统和序列自动注释系统等。【结论】所构建的序列分

2、析平台不仅可以完成常规的序列分析工作，还可成功地完成EST序列的电子延伸，同源全长cDNA序列的检索以及序列的自动注释，它可对大规模日本血吸虫序列进行快速、方便、高效的分析，为充分利用血吸虫基因组开展疫苗研究和新药开发提供了有效的技术手段。【关键词】日本血吸虫；基因组；序列分析系统352][JSUNYat-senUniv(MedSci),XX,28(3):348-继人类基因组计划之后，血吸虫基因组计划于1992年正式启动，并得到了美国基因组研究所的技术支持，1994年WHO/UNDP/TDR和多个国家的实验

3、室参与了此项计划，其基于基因组学的日本血吸虫序列分析平台的构建及应用编辑。作者：刘稳升，胡斐，吕志跃，郑焕钦，袁衡新，吴忠道【摘要】【目的】构建基于基因组学的日本血吸虫序列分析平台。【方法】基于工作站和Linux操作系统，利用公开的日本血吸虫或相关资源，收集有关生物信息学序列分析工具，并自行编写相关软件实现多种资源的有机整合。【结果】构建了本地化的日本血吸虫序列分析平台，在此基础上，自主设计了日本血吸虫EST序列的电子延伸系统、基于日本血吸虫EST数据库的同源全长cDNA序列检索系统和序列自动注释系统等。【

4、结论】所构建的序列分析平台不仅可以完成常规的序列分析工作，还可成功地完成EST序列的电子延伸，同源全长cDNA序列的检索以及序列的自动注释，它可对大规模日本血吸虫序列进行快速、方便、高效的分析，为充分利用血吸虫基因组开展疫苗研究和新药开发提供了有效的技术手段。【关键词】日本血吸虫；基因组；序列分析系统352][JSUNYat-senUniv(MedSci),XX,28(3):348-继人类基因组计划之后，血吸虫基因组计划于1992年正式启动，并得到了美国基因组研究所的技术支持，1994年WHO/UNDP/T

5、DR和多个国家的实验室参与了此项计划，其基于基因组学的日本血吸虫序列分析平台的构建及应用编辑。作者：刘稳升，胡斐，吕志跃，郑焕钦，袁衡新，吴忠道【摘要】【目的】构建基于基因组学的日本血吸虫序列分析平台。【方法】基于工作站和Linux操作系统，利用公开的日本血吸虫或相关资源，收集有关生物信息学序列分析工具，并自行编写相关软件实现多种资源的有机整合。【结果】构建了本地化的日本血吸虫序列分析平台，在此基础上，自主设计了日本血吸虫EST序列的电子延伸系统、基于日本血吸虫EST数据库的同源全长cDNA序列检索系统和序

6、列自动注释系统等。【结论】所构建的序列分析平台不仅可以完成常规的序列分析工作，还可成功地完成EST序列的电子延伸，同源全长cDNA序列的检索以及序列的自动注释，它可对大规模日本血吸虫序列进行快速、方便、高效的分析，为充分利用血吸虫基因组开展疫苗研究和新药开发提供了有效的技术手段。【关键词】日本血吸虫；基因组；序列分析系统352][JSUNYat-senUniv(MedSci),XX,28(3):348-继人类基因组计划之后，血吸虫基因组计划于1992年正式启动，并得到了美国基因组研究所的技术支持，1994年

7、WHO/UNDP/TDR和多个国家的实验室参与了此项计划，其最终目标是找到新的候选疫苗分子和治疗药物以及完全的基因组图谱。1999年，在WHO/WordBank/UNDP血吸虫基因组网络会议上，确定了WHO资助SGP的主要内容，包括曼氏血吸虫新基因的发现、日本血吸虫新基因的发现、物理图谱的制作、cDNA微型矩阵的制作、线粒体基因的测序以及生物信息学的研究，也确定了未来80%的TDR基因组资助奖金将用于后基因组计划。经过多年的努力，在cDNA文库、EST序列分析、基因差异表迗的研究、基因组文库和基因组图谱、血

8、吸虫信息学和数据库管理等多方面取得了重要进展［1-3］。目前，WHO血吸虫基因组协作组是最广泛的国际合作组织之一，其成员国美国、英国、埃及、巴西等多参与曼氏血吸虫基因研究计划，而中国重点开展日本血吸虫基因组的研究工作，研究单位包括中国南方基因组中心，中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所和中山大学中山医学院等。最近，我国在日本血吸虫功能基因组和蛋白质组的工作取得了阶段性重大成果［4］。年5月17日，上海市生命科学