基于本地化日本血吸虫序列分析平台构建及信号转导分子筛选

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1、中山大学硕士学位论文基于本地化的日本血吸虫序列分析平骨的构建及信号转导分子的筛选基于本地化的日本血吸虫序列分析平台的构建及信号转导分子的筛选硕士研究生：刘稳升指导老师：袁衡新副教授吴忠道教授中山大学中山医学院生物医学工程系广州510080摘要F1本血吸虫病仍然是我国重点防治的传染病之一，日本血吸虫基因组计划对于疫苗研制、新药物开发以及揭示血吸虫与宿主相互作用的分子机制均具有重要的意义。自1994年WHO正式启动血吸虫基因组计划以来，人们在eDNA文库、EST序列分析、基因差异表达的研究、基因组文库

2、和基因组图谱、血吸虫数据库管理等多方面取得了重要进展。最近，我国在只本血吸虫功能基因组和蛋白质组的工作取得了阶段性重大成果，2006年5月17日，上海市生命科学与生物技术数据中心向全世界公布了由我国自主测序的日本血吸虫基因组工作框架图，共计300多万条的DNA序列。目前关于庞大血吸虫数据库已创建并已公开发布，因此，从中快速挖掘有用信息，应用于血吸虫病的免疫诊断、疫苗研发和新药靶点筛选等已成为可能。为此，本课题组在前期工作基础上，开展了本项研究工作，为充分利用宝贵的血吸虫基因组数据资源提有用的技术手

3、段。【目的】构建本地化的基本生物信息学序列分析平台，并在此基础上，建立R本血吸虫序列相关分析系统，实现大规模、自动化地对庞大日本血吸虫相关数据进行处理，并运用同源比对的思想，筛选R本血吸虫信号转导分子，为日本血吸虫与宿主相互作用的相关信号分子的识别和鉴定提供生物信息学上的指导。【方法】基于工作站和Linux操作系统，利用公开的日本血吸虫或相关资源，收中山大学硕士学位论文基于本地化的日本血吸虫序列分析平台的构建及信号转导分子的筛选集有关生物信息学序列分析工具，并自行编写相关程序，采用软件包装复用技术

4、实现多种资源的有机整合，用以完成特定的任务，同时对中间的生成的一些结果建立数据库，便于对结果进行检索。另外，通过与人类，小鼠，大鼠信号转导分子进行相似性的检索，初步筛选日本血吸虫信号转导分子。【结果】构建了本地化的基本生物信息学序列分析平台，在此基础上搭建了日本血吸虫自动序列分析系统，包括日本血吸虫EST序列的电子延伸系统、基于日本血吸虫EST数据库的同源全长cDNA序列检索系统，序列自动注释系统及GO分类系统。在此过程中建立了日本血吸虫EST的载体污染数据库，重复序列屏蔽数据库等。通过对日本血吸

5、虫信号转导分子的筛选，共得到了3653条信号转导分子序列。【结论】所构建的平台不仅可以完成常规的序列分析工作，还可成功地完成EST序列的电子延伸，同源全长cDNA序列的检索，序列的自动注释以及GO分类，实践中证明，它可对大规模日本血吸虫序列进行快速、方便、高效的分析。随后，利用此系统，得到了大量的候选日本血吸虫相关信号转导分子，它为充分利用血吸虫基因组开展疫苗研究和新药开发提供了有效的技术手段。关键词：日本血吸虫；基因组；序列分析系统；信号转导分子·本研究获得国家自然科学基金(NO．3027116

6、5)和教育部博士点基金[(2005)216号】的资助。Ⅱ中山大学硕士学位论文基于本地化的日本血吸虫序列分析平台的构建及信号转导分子的筛选ConstructingLocalSequenceAnalysisPlatformandPreliminarySelectingSignalTransducersofSchistosomaJaponicumPostgraduate：LiuWen-shengSupervisor：．Vice-ProLYuanHeng-xinPro￡WuZhong-daoDepartm

7、entofBio-medicalEngineering,ZhongshanSchoolofMedicine,SUNYat-senUniversity，Guaugzhou510080ABSTRACTScistosomiasisisawaysoneoftheimportantinfectiousdiseases．Schistosomajaponicumgenomicplanwillbeofgreatbenefittodevelopingvaccineandnewdrugandrevealingthem

8、olecularmechanismofinteractionbetweenSchistosomajaponicumandthehost．SinceSGPhasbeenhunchedbyWHOiIl1994．peoplehavetakenagreatadvancejllthestudyofcDNAlibrary,sequenceanalysisofEST,differentiallyexpressedgenes,genomelibraryandgenomemaps,databasem