半滑舌鳎(cynoglossus+semilaevis)基因组snp标记的开发与检测

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1、半滑舌鳎(CynogIossussemilaevis)基因组SNP标记的开发与检测学位论文完成日期：指导教师签字：答辩委员会成员签字：础筋庞二藻÷盯≯¨弋矽r麓h盈上l’乡rV．，厶如刊叫I—一)＼∥I基／乏馒州Ⅳ栩建妒㈣9川6m2m8㈣2帆8¨¨¨i●lI眦Y独创声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成臬。据我所知：除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含未获得——!洼!翅逡直基地置蔓壁型主塑的：奎栏豆窒≥或其他教育机构的学位或证书使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作

2、了明确的说明并表示谢意。学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，并同意以下事项：1、学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。2、学校可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同时授权清华大学“中国学术期刊(光盘版)电子杂志社"用于出版和编入CNKI‘中国知识资源总库》，授权中国科学技术信息研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》。(保密的学位论文在解密后适用本授权书)学位论文作者签名：签字日期：为fo年Z月导师签字：撕签字日期占叼口

3、年彳月乒日f如帖一半滑舌鳎(Cynoglossussemilaevis)基因组SNP标记的开发与检测摘要semilaevis)是我国重要的海水养殖鱼类，其主要经济性状多数属于数量性状(QTL)，受到众多基因控制，拥有复杂的遗传机制，建立高密度的遗传图谱是精确定位这些QTL以进行选择育种的必要条件。单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphism，SNP)标记的出现，很好地解决了这一问题，SNP在基因组中的分布非常广泛，密度高，并且易于自动化分析，非常适合于建立遗传图谱，进行精确的QTL定位。但在半滑舌鳎中，SNP应用研究起步较晚，缺乏足够的SNP位点来构建遗传

4、图谱或进行关联分析。本研究以半滑舌鳎为研究材料，探讨了半滑舌鳎SNP标记的开发及检测。以本实验室构建的半滑舌鳎雌鱼fosmid基因组文库部分克隆的双末端测序结果为基础，·对52段半滑舌鳎基因组DNA序列进行PCR-SSCP分析，检测结果发现24段序列具有SSCP多态性，通过对多态性产物测序得到115个SNP位点，SNP频率为0．74％，其中包括转换型SNP79个、颠换型SNP36个，并未发现三态和四态SNP位点。根据SNP位点设计引物，通过半巢式的等位基因特异性聚合酶链式反应(AS．PCR)检测和验证，结果共有一"组引物得到了良好的分型结果。PCR产物经胶回收测序，测序结果表明，分型

5、结果与测序分析结果完全一致。使用所有17组引物对野生半滑舌鳎群体进行AS．PCR分型检测，预期杂合度分布区间为0．097-4)．508，观测杂合度分布区间为0．033～0．633，有效等位基因数分布区间为1．105～1．998；多态信息含量分析显示，该群体中8个位点为低度多态(PIC

6、SSCP；等位基因特异性PCRIsolationandcharacterizationofSNPsfromHalf-smoothtonguesole(Cynoglossussemilaevis)AbstractHalf．smoothtonguesole(Cynoglossussemilaevis)isallimportanteconomicflatfishanditseconomicchamctedsticsaremostlycontrolledbyquantitativetraitloci(QTL)withcomplexgeneticmechanism．’The—establish

7、mentofhigh—densitygeneticmapisnecessaryforthepreciselocationoftheseQTLtoselectivebreedingandtheuseofSNPmarkersisagoodsolutiontoit,asSNPsprovidehigherdensitiesthanothermarkers．Buttherea∞notsufficientSNPsitesfortheconstructionofgene