母猪初情期全基因组关联分析和位置候选基因研究

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1、ABSTRACTthroughdirectlysequencingofPCRproductsfrom6FIboars．ThesethreeSNPsweregenotypedinF0，Fland454phenotyredF2giltsfromthewhiteDuroc×ErhualianresourcepopulationbySNaPShotmethod．SignificantlyassociationofLIN28Bexonlg．771A>正Exon2g．243G>AandTMEM38Bexonlg．488G>Awithageatpuber

2、tyweredetected(P<0．05)instandardassociationanalysis．Butthissignificantassociationwasnotdetectedinthemarker-assistedassociationtestandF-droptest，indicatingthatL1N28BandTMEM38BwerethegenescloselylinkedwitllquantitativetraitgeneforageatpubertyonSSC1．Theresultsconfkrmedtheprev

3、iousQTLmappingresults，andprovideimportantduesforfurtherisolationofquantitativetraitmutationsandgenesforageatpuberty．Keywords：ageatpuberty，genome—wideassociationstudy，candidategenes，F2generationofresourcefamily．IV5数量性状位点(QTL)精细定位策略⋯⋯⋯⋯⋯．5．1候选基因分析．5．2连锁和连锁不平衡分析(LDLA)53同源相同精细

4、定位分析(IBD)．7．86母猪初情期候选基因LIN28B和TMEM38B的研究概况6．1LIN28B基因的研究进展6．2TMEM38B基因的研究进展7本研究的目的和意义第二章实验内容⋯⋯⋯⋯⋯1前言2材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯2．1实验动物⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．2．2表型观察⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯lOll⋯⋯⋯⋯⋯⋯．12⋯．．．⋯．⋯⋯⋯132．3资源家系F2母猪有初情期表型记录个体60KSNP芯片扫描⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯132．4LIN28B和TMEM38B基因多态位点的搜寻及基因型判定⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．132．4．1LIN28B和TMEM38B

5、基因多态位点的搜寻．2．4．2LIN28B和TMEM38B基因多态位点的基因型判定⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯142．5统计分析方法与模型．2．5．1全基因组关联分析(GWAS)方法与软件⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．172．5．2母猪初情期QTL精细定位方法与软件⋯⋯⋯⋯⋯2．5．3候选基因SNP位点与母猪处情期的标准关联分析、标记辅助关联分析和V4讨论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．4．1母猪初情期全基因组关联分析讨论⋯⋯⋯⋯4．2母猪初情期QTL精细定位讨论⋯⋯．．244．3候选基因LIN28B和TEMEM38B与母猪初情期关联性⋯⋯⋯⋯⋯⋯

6、⋯⋯⋯⋯⋯。265硝、结⋯⋯⋯⋯⋯⋯。．．．⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯参考文献⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．致谢⋯⋯⋯⋯⋯⋯VI第一章文献综述I引言文献综述发情是指母猪生长发育到一定年龄后，在垂体促性腺激素的作用下，卵巢上卵泡发育并分泌雌激素，引起生殖器官和性行为的一系列变化，并产生性欲的一种生理状¨1态一。母猪初情期是指母猪第一次表现发情并排卵的时间，初情期是雌性动物生长发n11育过程中一个很关键的阶段，标志着繁殖性能的初步形成H1。雌性动物的初情期受环境、饲养管理和遗传等多方面因素影响，其中约有50％的遗传变异是受遗传因素控r41制一。但目

7、前人们对初情期遗传机制的了解还不多。2母猪初情期表现形式、生理基础及其影响因素母猪生长到一定年龄后，都会表现发情。母猪发情的外部特征主要表现在行为和阴部的变化上，发情初期表现为食量减少，兴奋不安，阴门红肿并有少量透明稍带白色的粘液流出，此时母猪不愿接触公猪，并拒绝与公猪交配；母猪在发情中期食欲明显减少，甚至完全废绝，在圈内起卧不安，频繁排尿、呜叫、奔走、拱地啃圈栏，爬跨同圈的猪或愿意接受其它猪的爬跨，用双手按其腰部时站立不动，阴门出现大量透明的蛋清样分泌物，此时其愿意接受与公猪交配，受孕的机率最高；到发情后期，阴f51门逐渐消肿，发情症状消

8、失一。母猪初情期的最大特点是其下丘脑一垂体一性腺轴的正负反馈机制基本建立。在母猪生长至接近初情期时，卵泡生长加剧，卵泡内膜细胞合成并分泌较多的雌激素，使其浓度不断提高，并最终达到