野生玫瑰基因组dna提取及cddp引物筛选

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1、野生玫瑰基因组DNA提取及CDDP引物筛选　　摘要：野生玫瑰中多糖多酚含量较高，DNA提取较为困难，本试验在植物基因组DNACTAB提取法的基础上，通过延长水浴时间、调整氯仿-异戊醇（24∶1）抽提次数为2～3次等一系列方法提高野生玫瑰基因组DNA的提取纯度。以2×EsTaqMasterMix（含染料）10μL，40ng/μLDNA模板1μL，10pmol/μL引物1μL，ddH2O8μL为CDDP-PCR反应体系，对21条CDDP引物进行多态性筛选。结果表明，用改良的CTAB法提取的野生玫瑰基因组DNA纯度较高；21条CDDP引物中有16条对野生玫瑰品种的鉴别能力较高。本研究为野生

2、玫瑰CDDP分子标记及后续各种分子生物学研究奠定基础。　　关键词：野生玫瑰；改良CTAB法；DNA提取；CDDP分子标记　　中图分类号：S685.120.1文献标识号：A文章编号：1001-4942（2016）11-0013-05　　AbstractDNAextractionofRosarugosaisdifficultfortheirhighcontentsofpolyphenolandpolysaccharide.HereamodifiedCTABmethodforRosarugosaDNAextractionwaspresentedthroughextendingwater-b

3、athtime，appropriatelyadjustingchloroformisoamylalcohol（24∶1）extractiontimeto2～3timesandetc.Twenty-oneCDDPpolymorphicprimerswerescreenedwithreactionsystemcontaining10μLof2×EsTaqMasterMix（including9dye），1μLof40ng/μLDNAtemplate，1μLof10pmol/μLprimerand8μLofddH2O.TheresultsshowedthatthegenomicDNAofR

4、osarugosaextractedwithmodifiedCTABmethodownedhighpurity，and16CDDPprimershadhigherdiscriminatingabilityonRosarugosa.ThisresearchprovidedbasesforCDDPmolecularmarkersandsubsequentmolecularbiologyresearchesofRosarugosa.　　KeywordsRosarugosa；ModifiedCTABmethod；DNAextraction；CDDPmolecularmarker　　野生玫瑰（

5、Rosarugosa）是国家二级濒危保护植物，分布在我国吉林图们江河口、辽宁南部海岸以及山东东部沿海海岸[1]。野生玫瑰内含有芬香、抗寒、抗旱等性状基因，是栽培玫瑰育种资源的依托，因此深入了解野生玫瑰的遗传变异、保护野生玫瑰资源具有重要意义。　　基因组DNA是文库构建、分子标记、基因克隆等分子生物学研究的基本前提，其提取纯度直接影响整个试验的质量。由于不同植物体细胞内各种化学成分含量存在很大的差异，其DNA提取方法可能不同，甚至相同植物不同部位的DNA提取策略也不同[2]。　　随着以PCR为基础的分子标记技术的迅速发展，分子标记辅助育种成为当前国际植物遗传育种研究的热点[3]。来源保

6、守的DNA序列多态性（conservedDNA-derivedpolymorphism，9CDDP）标记是由Collard和Mackill开发的基于DNA保守序列的新型分子标记[4]，它是一种单引物扩增反应，最先应用于水稻，后来迅速在其他植物中得到应用[5]。CDDP分子标记的开发利用受益于植物基因组学和功能基因组学的快速发展，其引物序列的设计是根据植物基因组DNA中起重要作用的保守序列。不同植物间DNA保守序列均相当保守，所以CDDP分子标记技术能在不同物种间通用。在水稻上的研究表明，CDDP分子标记具有操作便捷、应用成本低、多态性丰富、可以有效产生与目标性状有关的标记等优点，是对

7、RAPD、ISSR、TRAP、CoRAP、SCoT等标记方法的有效补充，具有较好的应用前景[6]。目前，CDDP分子标记已经应用于菊花[7]、牡丹[8，9]等多种植物，但尚未见野生玫瑰种质资源上CDDP分子标记应用的报道。　　本研究主要着力于优化野生玫瑰基因组DNA的提取方法和在CDDP引物中筛选出对野生玫瑰品种鉴别力较高、多态性丰富的引物，为后续进行野生玫瑰的CDDP分子标记研究奠定基础。　　1材料与方法　　1.1材料来源　　以吉林珲春、辽宁庄河以及山东