霍乱弧菌新类型溶源性噬菌体基因组结构研究

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1、从本学科出发，应着重选对国民经济具有一定实用价值和理论意义的课题。课题具有先进性，便于研究生提出新见解，特别是博士生必须有创新性的成果霍乱弧菌新类型溶源性噬菌体基因组结构研究作者：芮勇宇，阚飙，高守一，刘延清，祁国明【关键词】霍乱弧菌；噬菌体；序列分析,摘要：目的研究霍乱弧菌埃尔托型新类型溶源性噬菌体和核心区不含ctxAB基因的溶源性噬菌体基因组的结构。方法采用基因扩增、测序及序列生物信息学等方法进行观察与分析。结果在我国EVC中，存在仅携带古典型nct-CTXφ、CTXφ或埃尔托型CTXφ基因组类型，并发现nct-CTXclass

2、φ和CTXETφ共存、nct-CTXnewETφ和CTXclassφ共存的新类型。CTXφ和nct-CTXφ基因组zot基因3′末端，60bp序列中40%位点不同，推测的氨基酸序列中60%位点不同。class、ET和newET类型ig1、rstR和ig2基因序列同源性分别为770%～974%，104%～179%，96%～648%，RstR同源性92%～241%。CTXφ基因组均位于染色体TLC基因簇附近。上述不同类型EVC的tcpA、TcpA、ctxA、ctxB、CtxA和CtxB与GenBank中EVC和O139群产毒株的同源性分

3、别>99%，99%，99%，98%，98%和96%。结论首次在EVC中发现nct-CTXclassφ和CTXETφ、nct-CTXnewETφ和CTXclassφ共存的新类型。关键词：霍乱弧菌；噬菌体；序列分析StudyonstructuresofnewtypesofCTXφand课题份量和难易程度要恰当，博士生能在二年内作出结果，硕士生能在一年内作出结果，特别是对实验条件等要有恰当的估计。从本学科出发，应着重选对国民经济具有一定实用价值和理论意义的课题。课题具有先进性，便于研究生提出新见解，特别是博士生必须有创新性的成果nct-C

4、TXφgenomesAbstract：ObjectiveTostudyonstructuresofnewtypesofCTXφandnct-CTXφgenomesofEiTorbiotypevibrioPCR,sequencingandsequenceanalysiswereOnlynct-CTXclassφ,CTXclassφ,orCTXETφgenometype,nct-CTXclassφandCTXETφ,nct-CTXnewETφandCTXclassφgenomescoexistedtypesinEITorstrainsi

5、solatedfromChinawereratesoflast0bpofzotgeneandZotofCTXφandnct-CTXφwere0%and0%.Identitiesofig1,rstR,iggeneandRstRofclass、ETandnewETtypes%～%,%～%,%～%,%～%typesofCTXφgenomewerefoundnearTLCoftcpA,TcpA,ctxA,ctxB,CtxA,andCtxBofstrainsinthisstudywithotherstoxicEVCandO13VCwereov

6、er9%,99%,99%,98%,98%,and6%.Conclusionnct-CTXclassφandCTXETφ,nct-CTXnewETφandCTXclassφgenomescoexistedtypesinEITorwerefoundfirst.Keywords：vibriocholerae;phage;sequenceanalysis课题份量和难易程度要恰当，博士生能在二年内作出结果，硕士生能在一年内作出结果，特别是对实验条件等要有恰当的估计。从本学科出发，应着重选对国民经济具有一定实用价值和理论意义的课题。课题具有先进

7、性，便于研究生提出新见解，特别是博士生必须有创新性的成果　　霍乱弧菌(VC)的溶源性噬菌体与新类型霍乱病原菌的产生密切相关，CTXφ基因组包括RS区和核心区。RS区依次包括ig1间隔区、rstR、ig2间隔区、rstA、rstB和rstC基因。其中主要变异基因为抑制子基因及ig2，国外已报道了3种类型，分别发现于O1群霍乱弧菌古典生物型、埃尔托生物型和O139群VC，GenBank序列号分别为VCU83796、AF、AF，本文暂时命名为古典型、埃尔托型和加尔各答型〔1-〕。核心区依次包括cep、orfU、ace、zot和ctxAB基

8、因，核心区不携带ctxAB基因的CTXφ称为nct-CTXφ。本课题在研究我国EVC的CTXφ和nct-CTXφ基因组分布特征时，发现1种新类型rstR-ig2基因，暂命名为newET类型，还发现不同类型rstR-ig2基因的CTXφ