生物信息学作业实验

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1、广州大学学生实验报告开课学院及实验室：生命科学学院计机楼4072013年12月6日学院生命科学学院年级、专业、班生物工程10姓名学号10142000实验课程名称生物信息学　成绩　实验项目名称　实验六蛋白质序结构与预测指导教师　一、实验目的1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；2、熟悉蛋白质基本性质分析；3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；4、了解蛋白质结构预测。二、实验内容1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、

2、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；2、总结进行上述分析所需注意的关键事项11三、实验步骤1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；1、人脂联素蛋白质序列的检索：（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez)；（2）在Search后的选择栏中选择protein；（3）在输入栏输入homosapiensadiponectin；（

3、4）点击go后显示序列接受号及序列名称；（5）点击序列接受号NP_004788(adiponectinprecursor;adiposemostabundantgenetranscript1[Homosapiens])后显示序列信息；（6）将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列)；2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说

4、明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击AminoAcidComposition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成；或者选择protein后，点击Kyte&DoolittleMeanHydrophobicityProfile→查看该蛋白质分子疏水性水平；11113、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析：（1）进入NCBI/Blast网页；（2）选择Protein-proteinBLAST(blastp)；（3）将FASTA格式序列贴入输入栏；（4）点击BLAST；（5）查看与之同源的

5、蛋白质；11114、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析：（1）expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan）进入网页。（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；（3）在PrositeProfile前打钩，然后点击Search；（4）查看分析结果（注意PrositeProfile中的motifinformation）；11115、人脂联素蛋

6、白质序列的二级结构预测：（1）可由expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（http://www.predictprotein.org/）进入；（2）进入predictprotein页面后，先register（注册）；（3）然后将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏，submission（提交）所要分析的蛋白序列；（4）分析结果。11PHDpredictions结果：PROFpredictions结果6、人脂联素蛋白质序列的三维

7、结构预测：（1）进入http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html（SwissModelFirstApproachMode）网页；（2）选择Automatedmode（自动模式）；（3）进入Automatedmode界面后输入E-Mail地址和序列名称，将将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏，点击“submitmodelingrequest”后，等待结果。（4）下载蛋白PDB文件观看其三维结构图像。（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。11

8、112、总结进行上述分析所需注意的关键事项1、对人脂联素蛋白质序列进行两种分析即基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析和motif结构分析。2、二级结构预测可大致分为二类：一是有关根据单一序列预测二级结构；二是有关根据多序列列线预测二级结构。3、比对数据库中已知结构的序列是预测未知序列三级结构的主要方法。多种途径可进行以上这种比对。最容易是使用BLASTP程序比对NRL－3D或SCOP数据库