[工学]生物信息学作业

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1、《生物信息学》考核形式：考查（2009-2010学年第一学期）姓名：李连营学号：2008128214成绩：要求：统一格式，统一字体，字号一、关于生物信息学数据库使用（30分）1.分别写出下列主要生物信息学数据库的网址，并打开其主页（截屏），存到word文档中。1）核酸序列数据库（10分）①GenBank美国基因数据银行：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/②Embl欧洲分子生物实验室：http://www.ebi.ac.uk/embl.html③DDBJ日本核酸数据库：http://www.ddbj.nig.ac.jp2）基因组数据库（10分）①美国人类基因组数据库GDB

2、：http://www.gdb.org②美国NCBI基因组数据库Genome：http://www.ncbi.nlm.nih.gov③英国人类基因图谱数据库HGMPGenomeWeb：http://www.hgmp.mrc.ac.uk/genomeWeb/④美国人类基因组资源整合体系http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/3）蛋白质序列及结构数据库（10分）(1)、蛋白质序列数据库①SWISS-PROT（瑞士日内瓦大学）蛋白质序列数据库：http://www.Expasy.ch②NCBI蛋白质数据库：http://www.ncbi.nlm

3、.nih.gov/entrez③PIR蛋白质序列信息资源库（美、德）:http://pir.georgetown.edu（2）、蛋白质结构数据库①PDBProteinDataBank：http://www.rcsb.org/pdb/②NCBISTRUCTUREMMDB（MolecularModellingDataBase），③SCOP（Structuralclassificationofproteins）：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop二、关于NCBI数据库使用（30分）1.NCBI数据库检索查找序列编号accessionnumber为EF575623.

4、1,,EF575621.1,EF575620.1,EF575619.1,EF575618.1,EF575617.1,EF575616.1,EF575615.1,EF575614.1,,EF575612.1,EF575611.1,EF575610.1,EF575609.1,EF575608.1,的基因。打开任何一个序列，另存为FASTA格式，过程截屏存为word文档。（10分）2.将该序列提交GenBank进行BLAST完成序列在GenBank中的对比，将结果的每一部分以截屏的页面保存至word文档。并注明每一部分说明什么（20分）三、关于DNAMAN的使用（40分）1．对第二题中的任意三个序

5、列进行序列对比。要求通过上机操作会使用基本的序列导入，双重及多重序列对比，序列分析，过程截屏。（15分）所取三个序列：EF575613.1，EF575612.1,EF575611.1查找方法同二题操作。在通道1中载入EF575611.1步骤如下：同理在通道2、3中导入EF575612.1、EF575613.1点击“通道”再选中“CHANNEL1”、“CHANNEL2”、“CHANNEL3”点击确定的结果如下：2．选取二题中任意序列进行，引物设计及分析，过程截屏（25分）任意选取一组既得第一引物：ACAATCCACGGTCCAACTTCA58.4℃第二引物：CCAAGCGTCCTTTCTCCT

6、GT59.2℃导入第一引物如下：在导入第二引物操作如下：两引物间互补关系及Tm值