生物信息学作业1

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1、生物信息学实验作业试验一一．找到编码拟南芥（arabidopsis）phyA（光敏色素A）基因的核酸序列编号,并记录查找过程。GI：224576211步骤1．进入NCBI主页2．搜索arabidopsisphyA3．ArabidopsisthalianaphytochromeA(PHYA)gene,partialcds4．VERSION：GI：224576211二．以phyA为检索词，在pubmed数据库中分别检索在题目和关键词字段中含有该检索词的文献，记录检索出的条目数目。Results:614三．仔细阅读所查询核酸序列在NCBI和EMBL数据库中格式的

2、解释，理解各字段的含义，并比较NCBI与EMBL中序列格式的异同。EMBLNCBI含义IDLOCUS序列简单说明DEDEFINITION序列简单描述ACACCESSION序列编号SVVERSION序列版本号KWKEYWORDS关键词OSSOURCE序列来源的物种名OCORGANISM序列来源的物种学名和分类地位RNREFERENCE相关文献编号，或递交序列的注册信息RAAUTHORS相关文献作者，或递交序列的作者RTTITLE相关文献题目RLJOURNAL相关文献刊物杂志名,或递交序列的作者单位PUBMED相关文献PudMed数据库编号RX相关文献Medl

3、ine引文代码RC相关文献注释RP 相关文献其它注释CC关于序列的注释信息DR 相关数据库交叉引用号FHFEATURES序列特征表起始FT 序列特征表子项SQ碱基种类统计数空格ORIGIN序列实验二一．分析你感兴趣核酸序列的分子质量、碱基组成。Composition35A;25C;35G;15T;0OTHERPercentage:32%A;23%C;32%G;14%T;0%OTHERMolecularWeight(kDa):ssDNA:34.26dsDNA:67.8二．列出你所分析核酸序列（或部分序列）的互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA双链序列和R

4、NA序列。RS1ACTACTCGAGAAGCAGCGACAGAGGCGTTAGCCCGCTCAGCAGACTGGCAGTTCTCTACC61GACAAAAAAGAGGTAGGAGGCACAGTAATGATACAGGCGTAGCAGGAGGGCS1CCCTCCTGCTACGCCTGTATCATTACTGTGCCTCCTACCTCTTTTTTGTCGGTAGAGAAC61TGCCAGTCTGCTGAGCGGGCTAACGCCTCTGTCGCTGCTTCTCGAGTAGTRCS1TGATGAGCTCTTCGTCGCTGTCTCCGCAATCGGGCGAGTCGT

5、CTGACCGTCAAGAGATGG61CTGTTTTTTCTCCATCCTCCGTGTCATTACTATGTCCGCATCGTCCTCCCDDNAS1GGGAGGACGATGCGGACATAGTAATGACACGGAGGATGGAGAAAAAACAGCCATCTCTTGCCCTCCTGCTACGCCTGTATCATTACTGTGCCTCCTACCTCTTTTTTGTCGGTAGAGAAC61ACGGTCAGACGACTCGCCCGATTGCGGAGACAGCGACGAAGAGCTCATCATGCCAGTCTGCTGAGCGGGCTAACGCCTCTGTC

6、GCTGCTTCTCGAGTAGTRNAS1GGGAGGACGAUGCGGACAUAGUAAUGACACGGAGGAUGGAGAAAAAACAGCCAUCUCUUG61ACGGUCAGACGACUCGCCCGAUUGCGGAGACAGCGACGAAGAGCUCAUCA三.列出核酸序列的限制性酶切位点分析结果（酶及识别位点）。RestrictionanalysisonUSMethylation:dam-Nodcm-NoScreenedwith117enzymes,5sitesfoundEcl136II1GAG/CTC103EcoICRI1GAG/CTC103

7、SacI1GAGCT/C105SapI1GCTCTTCN/93SstI1GAGCT/C105ListbySiteOrder93SapI103Ecl136II105SstI105SacI103EcoICRINonCutEnzymesAatIIAcc65IAccIIIAclIAflIIAgeIAhaIIIAlw44IAlwNIApaBIApaIApaLIAscIAsp718IAsuIIAvrIIBalIBamHIBbeIBbvIIBclIBglIBglIIBpu1102IBsc91IBsiIBsmIBsp1407IBspHIBspMIBspMIIBssHIIB

8、stD102IBstEIIBstXIBsu36IClaICsp45