生物信息学作业实验5-3

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1、广州大学学生实验报告开课学院及实验室：生命科学学院计机楼4072013年11月29日学院生命科学学院年级、专业、班生物工程姓名学号10142000实验课程名称生物信息学　成绩　实验项目名称　实验5-3多重序列比对及系统发生树的构建指导教师　一、实验目的1、熟悉构建分子系统发生树的基本过程，获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识；2、掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法；3、掌握使用Phylip软件构建系统发生树的操作方法。二、实验内容1、采用以上例子给出的DNA序列进行系统发

2、育树的构建结果。（包括序列比对结果及最终生成的树）2、以下给出的是蛋白质序列，使用以上方法构建系统发育树。（包括序列比对结果及最终生成的树）>RATMEPKRIREGYLVKKGSVFNTWKPMWVVLLEDGIEFYKKKSDNNPKGMIPLKGSTLTSPCQDFGKRMFVLK16ITTTKQQDHFFQAAYLEERDAWVRDIKKAIKCIEGGQKFARKSTRRSIRLPETIDLGALYLSMKDPEKGI>HUMANMEPKRIREGYLVKKGSVFNTWKPMWVVLLEDGIEFYKK

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7、构建系统进化树所选用的程序的区别。16三、实验步骤1、DNA序列进行系统发育树的构建结果图中的8和50分别表示8个序列和每个序列有50个碱基。2、用PHYLIP软件推导进化树1、进入EXE文件夹，点击SEQBOOT程序输入test.phy文件名，回车。16图中的D、J、R、I、O、1、2代表可选择的选项，键入这些字母，程序的条件就会发生改变。D选项无须改变。J选项有三种条件可以选择，分别是Bootstrap、Jackknife和Permute。文章上面提到用Bootstraping法对进化树进行评估，所谓Boots

8、traping法就是从整个序列的碱基（氨基酸）中任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样，一个序列就可以变成了许多序列。一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据某种算法（最大简约性法、最大可能性法、除权配对法或邻位相连法）每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比较，按照多数规则（majority-rule）我们就会得到