microarray入门

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1、实用标准文案Microarray入门导言MICROARRAY，是固定在固体基片上的大量DAN序列的微阵列，是许多复杂核酸样本中特定DNA序列定性和定量研究的有效工具。日益引起人们兴趣的MICROARRAY，已经用于基因作图、变异分析和基因表达的检测，并且，有希望成为科学研究和临床应用的标准工具。从原理上和实践上，基因芯片都是已用于核酸定性、定量研究数十年的杂交方法（Southernblot[12]、Northernblot[13]、克隆杂交和点杂交[14]）的发展：标记样本，再与阵列杂交；杂交足够的时间后，适当地洗膜数次；然后，探针与固定在特定位置上的样本DNA互补杂交

2、而显现杂交印迹。用MICROARRAY做平行杂交研究的思想本身并不新鲜，排列在滤膜上的阵列已经被用了很多年[15-17]。然而，不同领域的技术进步已把那些相当笨拙的膜变成了今天更加实用、有效的平行基因分析的方法：首先，大规模的测序工程产生的信息使得DNA集合聚集在一起成为可能，而这些DNA相当于许多组织（从细菌到人）中的全部基因或大部分基因；其次，技术进步已经使得生产高密度DNA阵列成为可能，从而使成千上万个基因展现在比标准的载玻片还小的面积上；最后，核酸荧光标记和荧光检测的进步使得这些芯片的应用更加简便、安全和准确。本综述旨在描述一种微阵列技术的最新用法，通常被称作“

3、点片”或“印片”。之所以这样称呼是因为该方法是将通常的大于寡核苷酸（100bp以上）的DNA通过物理分配方法点在固体基片上，这与最近其它主流的微阵列技术（短的寡核苷酸被直接合成在固体支持物上[18，19]）方法不同。在标准的点片操作中，把DNA样本（PCR产物、质粒等）装在96或384孔板中，用一个配有一束特殊设计点样针的机械手伸入板中相邻的样本孔中，吸上大约１µl的DNA样液，分别点在处理过的载玻片上。通过交叉的方式，用适合96孔板的４根一束针头或384孔板的16根一束针头成功地将数千个DNA样本点在一个玻片面上。用束状点样针接触每张玻片表面，可同时成功点100-20

4、0张具有同样阵列的芯片。每点完一次后，要清洗、干燥点样针，然后再装载另几个DNA样液。点完所有的点阵之后要处理玻璃片，使得DNA固定在玻片表面，以最大限度地减少探针非特异性结合在芯片上。MICROARRAY已被用于很多不同的目的。通过MICROARRAY，数千个序列能立即被检测出来。这篇综述着重于基因芯片在基因表达研究中的应用以及在基因组表达检测中的应用原理，并详细描述了MICROARRAY的制作和使用过程。一、基因表达的检测基因表达检测的最终技术目标是能确定所关注的任何组织、细胞的RNA的绝对表达量。可以先从样本中抽提RNA，再标记RNA，然后将这些标记物作探针与芯片

5、杂交，就可得出原始样本中不同RNA的量。然而用于杂交的某个特定基因的RNA精彩文档实用标准文案的量与在一个相应杂交反应中的信号强度之间的关系十分复杂，它取决于多种因素，包括标记方法、杂交条件、目的基因的特征和序列。所以芯片的方法最好用于检验两个或多个样本中的某种RNA的相对表达量。样本之间某个基因表达的差异性（包括表达的时间、空间特性及受干扰时的改变）是基因表达最重要的，而了解RNA的绝对表达丰度只为进一步的应用或多或少地起一些作用。双色杂交：为了最大限度地增加差异显示的可靠性和精确性，我们用两种具有不同光谱的荧光染料标记两种不同样本，然后混合这两种探针，并同时与一张芯

6、片杂交的方法来直接对比这两种样本。两样本中的一种基因的相对表达量可通过同源目的基因的两种染料的荧光强度的比值检测出来。这个比值对以上讨论的那些可能影响与某个特定基因杂交探针绝对量，但不影响两种标记探针杂交相对量的因素不敏感。DNA基因表达谱芯片的应用范围：最简单的基因表达谱检测是比较两种不同细胞或组织样本中的与芯片阵列中相应基因对应的mRNA的相对丰度。例如，可对比试验干预前后，或经某种处理后连续时段内的细胞以及不同分化时期的细胞，也可以对比突变型和野生型之间的mRNA表达的不同方式。这种试验方法灵活，使研究者可以收集到有关每种基因表达调节的更准确信息。例如，通过一张芯

7、片上的多核糖体RNA和总mRNA的对比杂交，可以测出每个基因的翻译效率；通过细胞核和细胞质中的polyARNA样本的差异性杂交，可以估计出细胞核与细胞质中的每种polyARNA的分布：同样的方法还可以调查其它类型的亚细胞单位。I型和II型试验：许多受关注的生物学问题都能用双色杂交试验这种最简单的方法来研究。即两种样本直接在一张芯片上进行比较（被称为I型试验[20]）。然而，对于需要对比多个样本的复杂问题，这种直接的比较就不适用了。针对这种情况，我们使用一种替代的试验设计，即在每次杂交中加一个一般对照作参考，这样既保持了双色杂交内部对照的本