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1、单核苷酸多态性检测技术的研究_龙波 单核苷酸多态性检测技术的研究 龙波1,陈仕国2,马显光2,邓玲2,廖新华2 1.解放军第425医院检验科,三亚572100;2.第三军医大学物理学教研室,重庆400038 提要:单核苷酸多态性(SNP)的研究已成为人类后基因组时代的主要内容之一。SNP作为第三代遗传标记具有数量多、分布广泛的特点, 且比第一、二代遗传标记更适合于对复杂性疾病遗传解析以及基于群体基因识别等方面的研究,因此在临床检验工作中,建立高度自动化和高通量的SNP检测分析技术十分重要。本文就最新发展的几种SNP检测技术进行分析,并对可能应用于医
2、院临床检验具有经济意义的SNP检测技术进行展望。 关键词:单核苷酸多态性;电化学阻抗谱;声表面波;脱氧核糖核酸序列测定 中图分类号:TN247文献标识码:A文章编号:0253-2743(2011)05-0048-02Researchonsinglenucleotidepolymorphismdetectingtechnologies LONGBo1,CHENShi-guo2,MAXian-guang2,DENGLing2,LIAOXin-hua21.DepartmentofLabMedical,No.425HospitalofPLA,Sanya5721
3、00,China; 2.DepartmentofPhysics,ThirdMilitaryMedicalUniversity,Chongqing400038,China Abstract:Thisarticleourresearchandthinkingaboutsinglenucleotidepolymorphismdetectingtechnologies,whichprobablybeappliedtonormalhospital.Itwillbetruethattherearesomeeconomicandhigh-outputSNPdetect
4、ingtechnique. Keywords:singlenucleotidepolymorphism;electrochemicalresistancespectrometer;soundsurfacewave;DNAsequencing 收稿日期:2011-08-22:1SNP简述 单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)是指在基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性,包括置换、颠换、缺失和插入,而且任何一种等位基因在群体中的频率不小于1%。这样在人类基因组上,SNP作为不同个体在某一特定位置上的
5、核苷酸差异,它具有数量大、分布广及高度稳定性等特点,许多遗传疾病和癌症都与基因序列中的突变密切相关,单核苷酸多态性占所有己知多态性的90%以上,导致其在分子诊断、临床检验、法医学、病原检测、遗传疾病和新药研发等方面具有重要应用价值,这就为临床检验工作提出了巨大挑战。 在具体表现上,通常认为SNP只有两种类型,即双等位基因的转换和颠换,二者之比为2:1。SNP在CG序列上出现最为频繁,而且多是C转换为T,原因是CG中的C常为甲基化的,自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶T。面对高度复杂的人类基因组,要从约30亿碱基对中鉴别分型单个碱基的变化无疑是一件巨大的工程。因此建
6、立一种灵敏准确、高通量、简便易行的全基因组扫描分析方法对SNP的检测特别重要,也是SNP检测技术的发展方向。 从理论上讲,任何用于检测单个碱基突变或多态的技术都可用于SNP的识别和检出,目前已发展出20余种SNP分析的基本方法。如DNA测序、限制性长度多态性(restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)、等位基因特异性PCR(ASPCR)、等位基因特异性寡核苷酸探针杂交(alleliCspecificOligonucleotide,ASO)、单链构象多态性(Singlestandconformationpolymo
7、rphism,SSCP)等。这些技术必须通过凝胶电泳进行检测,因此难以实现大规模操作,也不适用于SNP的自动化批量检出:同时,假阳性也是造成多种人工精心设计的方法无法进入临床应用的最大障碍。文献研究表明,采取这些方法只有少部分的SNP被发现,特别是那些低频率的SNP往往不能被发现,其他的一些方法也只是表明SNP所在的区域,但不能确定SNP的定位和特征。这些方法适合大型研究机构,具有操作复杂、费时费力等缺点,所以仍需要一个简便、灵活,费用低廉,敏感适度的SNP检测技术。 局部上,可以根据DNA列阵的测序法、动态等位基因特异的杂交、寡聚核苷酸特异的连接、DNA
8、芯片以及TaqMan系统等进行SNP分析方法理论分析
