株新的hiv-1crf01_aecrf07_bc独特重组型毒株的鉴定

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1、中文摘要中文摘要HIV-1最重要的特征之一是其具有高度的遗传多样性，基因重组在其中扮演了十分重要的角色。全球范围内HIV-1流行重组型和独特重组型越来越多，并在HIV的流行中发挥着越来越重要的作用。本研究选择了一份来自于吉林省同性恋HIV感染者的血浆样本，采用近末端稀释的方法对该样本进行近全长基因组(Nearfull．1engthgenome，NFLG)扩增，电泳鉴定结果表明成功扩增出9．1kb的近全长基因组片段。获得的阳性PCR产物经胶纯化后直接进行序列测定，获得的序列数据经拼接和清理后，采用MEGA5．

2、05软件进行系统进化树分析，SimPlot3．5．1软件进行重组断点分析，BioEdit7．0．9．0软件进行序列比对分析。重组断点分析结果显示，该序列由CRF01AE和CRF07BC重组形成，主要骨架为CRF01AE，序列中包括4个重组断点，相对于HXB2分别位于443lbp，4739bp，5501bp和5825bp，2个CRF07BC片段存在于pol基因和vif-vpr基因区段，长度分别为340bp和323bp。系统进化树分析结果显示，该病毒中的3个CRF01AE片段均与来源于我国北方主要在MSM人群中

3、流行的CRF01AE毒株聚集在一起，其Bootstrap值为100％，这一结果提示CRF01AE的亲本可能来源于MSM人群，在MSM人群中可能比较容易发生基因重组。该病毒中的2个非CRF01AE片段与CRF07BC参考毒株集聚在一起，Bootstrap值分别为77％和99％。序列比对结果显示，2个片段的核苷酸序列均与CRF07BC参考株一致，这表明2个片段均来源于CRF07BC毒株。本研究获得的HIV-1新的重组模式病毒主要骨架为CRF01AE，常规的利用gag和env基因鉴定HIV亚型的方法无法准确定义，

4、这表明我国HIV的流行可能比预期复杂，HIV分子流行病学研究中对于亚型的鉴定将面临新的挑战。关键词：人类免疫缺陷病毒1型，近全长基因组，独特重组型，CRF01—AE，CRF07BC，重组断点分析，系统发生分析AbstractAbstractOneofthemostimportantcharacteristicsofHIV-1isitshighgeneticdiversity,inwhichrecombinationplaysaveryimportantrole．Moreandmorecirculatingr

5、ecombinantforms(CRFs)anduniquerecombinantforms(URFs)areidentifiedgloballyandhaveincreasinglyimportantimplicationsintheHWepidemic．Inthisstudy,anearfull-lengthgenome(NFLG)witha9．1kbfragmentwasamplifiedusinganearend—pointdilutionmethodfromaplasmaspecimencolle

6、ctedfromaHIV-positiveindividualinfectedthroughMSMexposureinJilinProvince．SuccessfullyamplifiedPCRproductswereidentifiedbyelectrophoresisandweredirectlysequencedafterpurificationfromagarosegel．ThesequencingdatawereusedtoperformphylogeneticanalysisbyMEGA5．05

7、afterdatacleaning．ThebreakpointsiteswereidentifiedwithSimPlot3．5．1，whilethealignmentswerebuiltbyBioEdit7．O．9．TherecombinationidentificationanalysisshowedthatthisNFLGsequenceWascomposedbybothCRF01一AEandCRF07一BCwith4breakpointsat443lbp，4739bp，5501bpand5825bp

8、correspondingtoreferencestrainHXB2．ThetwoCRF0n里Cfragmentswithlengths340bpand323bp，werelocatedwithinthepolandv／fvprgenes，respectively．PhylogeneticanalysisshowedthatallthreeCRF01——AEfragmentsinthissequencewerec