医学毕业论文人白细胞介素-33蛋白的二级结构及b细胞抗原表位预测

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1、人白细胞介素-33蛋白的二级结构及B细胞抗原表位预测姓名，2014年6月25日人白细胞介素-33蛋白的二级结构及B细胞抗原表位预测作者：李明冰，柳晓金，苏绍波【摘要】目的：预测人白细胞介素(IL)-33的二级结构和B细胞抗原表位。方法：以单参数(亲水性、可及性、柔韧性及抗原性)预测为基础，通过二级结构预测初步筛选，并以ABCpred方案作为最终验证，预测人IL-33蛋D的二级结构和B细胞表位。结果:人IL-33蛋白的N端1〜19、59〜75、108〜117和204〜210区段为预测的B细胞表位。结论：该预测结采将宥助于确定人IL-33的B细胞表位及其生物学活性部位。【关键词】0介素-33;二级

2、结构；B细胞表位；预测[Abstract]Objective:TopredictthesecondarystructuresandBcellepitopesofhumaninterleukin(IL)-33.Methods:ThelocationofBcellepitopeswaspredictedbyscreeningthesecondarystructureofIL-33.Analysiswasonthebasisofthepredictionresultsofhydrophilicity，accessibility,flexibility,antigenicityfollowedbyav

3、erificationusingABCpredprogram.Results:ThepredictedBcellepitopeswerefoundtolocateattheproteinsequenceofaminoacids1〜19,59〜75，108〜117and204〜210forIL-33.Conclusion:ThesefindingswouldbehelpfulforestimateoftheepitopesandactivitysiteslocalizedwithinhumanIL-33.[KeyWords]interleukin-33;secondarystructure;Bc

4、ellepitope;prediction白细胞介素-33(Interleukin-33,IL-33)是最近［1］使用计算机序列分析、发现并鉴定的一种前炎细胞冈子。它的基冈序列和结构与IL-1家族成员IL-ip和IL-18相似，属于IL-1家族的一个新成员，即IL-lFlkIL-33结合IL-1受体家族成员ST2,活化核因子-kB和促分裂素原活化蛋白激酶，诱导Th2细胞因子的产生，在多种炎症免疫过程中发挥重耍作用［1］。B细胞表位是抗原中可被B细胞抗原受体或抗体特异性识别并结合的线性片段或空间构象性结构。准确预测B细胞表位，不仅冇助于基础免疫学研究，而且对疫茁和抗体的研究与开发，疾病预防与诊断

5、具有重要意义［2］。木研究运用互联网服务器，分析IL-33蛋白的氨基酸序列，对人IL-33的二级结构特征和B细胞抗原表位进行分析和预测，为其后续的抗体制备及结构与功能研究提供理论依据。1材料与方法1.1IL-33蛋0的氨基酸序列人IL-33的氨基酸序列來GGenBank数据库，其索取号为AY905581［1］。序列如下：1.2IL-33蛋G的二级结构预测用Geourjon-Deleage法［3］预测IL-33的二级结构。1.3IL-33蛋白的亲水性、可及性、柔软性及抗原性参数预测用Parker亲水性［4］、Emini可及性［5］、KarplusSchulz柔彻性［6］、KolaskarTong

6、aonkar抗原性［7］分别进行单方案预测，以分析IL-33中卩J能存在的B细胞表位。1.4IL-33蛋白的B细胞抗原表位预测用ABCpred服务器预测B细胞表位。窗1-1长度16,阈值0.51［8］。将单参数预测结果汇总，二级结构P转角、无规卷曲处者确定为IL-33蛋白的候选B细胞优势表位。最后采用ABCpred验证表位预测结果。2结果2.1IL-33预测的二级结构IL-33的二级结构主要由a螺旋（18.9%）、p折叠（27.4%）、p转角（8.5%）、无规卷曲（45.2%）组成。P转角及无规卷曲是比较松散的柔性结构，该区域常含宥B细胞的优势表位。IL-33蛋白的无规卷曲和（3转角即功能区主

7、要位于第1〜22,30〜36，48〜51,54〜57,61〜77，84〜88,108〜119，129〜133，139〜142,151〜157,165〜180，196〜201，207〜215,232〜237,253〜259位氨基酸（图1）02.1IL-33亲水性、可及性、柔韧性及抗原性参数IL-33蛋tl的亲水性、可及性、柔韧性和抗原性的预测结果见图2a〜dG命于基线的氨基酸所对应的肽段为表位），单