人宫颈癌基因蛋白b细胞表位及其hla限制性细胞毒性t细胞表位预测分析

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1、人宫颈癌基因蛋白B细胞表位及其HLA限制性细胞毒性T细胞表位预测分析【摘要】目的：预测人宫颈癌基因（humancervicalcanceroncogene,HCCR）蛋白的二级结构,B细胞表位及其HLAA,B限制性细胞毒性T细胞表位.方法：综合分析二级结构、亲水性、柔韧性、表面可及性与抗原性指数，预测HCCR蛋白的B细胞抗原表位；利用BIMAS，SYFPEITHI和NetCTL方法预测分析其HLAA*0201限制性CTL表位，运用NetCTL方法对HLAA的其他等位基因和HLAB限制性CTL表位

2、进行预测分析.结果：HCCR蛋白的二级结构主要由α螺旋结构组成，B细胞优势表位位于N端第41～53，216～228，310～325和355～360区段;预测得到5个HLAA*0201限制性CTL优势表位分别为YLVFLLMYL（152～160），YLFPRQLLI（159～167），LLLHNVVLL（343～351），CLFLGIISI（138～146）和SIPPFANYL（145～153），HCCR蛋白HLAA,B限制CTL表位主要位于胞外区.结论：应用多参数预测HCCR蛋白B细胞表位及其HL

3、AA,B限制性细胞毒性T细胞表位，为进一步实验鉴定其表位进而制备单克隆抗体和基于HCCR抗原的肿瘤免疫学治疗奠定了基础.【关键词】宫颈肿瘤；癌基因蛋白质类；表位，B淋巴细胞；CTL表位　　【Abstract】AIM:Topredictthesecondarystructure,theBcellepitopesandtheHLAA,BrestrictedTcellepitopesofhumancervicalcanceroncogene(HCCR)protein.METHODS:Thesecondar

4、ystructureethodsofProteusandSOPMA.Thehydrophilicity,surfaceprobability,flexibilityandantigenicindexethodsofKyteDoolittle,Emini,KarplusSchultzandJamesonethods,theBcellepitopesforHCCRproteinainlyposedofαhelix.TheBcellepitopesinalNo.41-53,216-228,310-32

5、5and355-360regions.AndthefivepredominantHLAA*0201restrictedTcellepitopesainofprotein.CONCLUSION:PredictionoftheepitopesofHCCRproteincanprovideabasisforproductionofthemonoclonalantibodyanddevelopmentofsomepromisingantigenpeptidesfortumorvaccines.　　【Keys

6、;oncogeneproteins;epitopes,BLymphocyte;CTLepitopes　　0引言　人宫颈癌基因（humancervicalcanceroncogene,HCCR）是近年来发现的与多种肿瘤相关的基因，HCCR可能作为抑癌基因p53的负调控因子，引起肿瘤的发生［1］.其编码的蛋白可以作为一种重要的肿瘤标志物，在监测和诊断肝细胞癌、乳腺癌、结肠直肠癌等肿瘤方面具有重要的意义，是一种极为灵敏的指标［2-4］.HCCR蛋白在肿瘤治疗中可以作为一个重要的靶位点［5］.但到目前为止,人

7、们对其蛋白特性及其表位生物学了解甚少.我们根据人HCCR蛋白质的氨基酸序列，采用免疫信息学，在方法学比较的基础上，联合运用多种方法对HCCR蛋白的二级结构、B细胞表位及其HLAA，B限制性细胞毒性T细胞表位进行预测分析.旨在为进一步鉴定其表位，研制单克隆抗体和基于HCCR抗原的肿瘤免疫学治疗奠定基础.　　1材料和方法　　1.1材料　　HCCR蛋白的氨基酸全长序列从NCBI网站上获取（GenBankaccessionno.AAK34885），含有360个氨基酸，相对分子质量为41803.　　1.2方法　

8、　1.2.1HCCR蛋白二级结构预测采用Proteus［6］，SOPMA［7］蛋白质结构预测服务器分别预测HCCR蛋白的二级结构.　　1.2.2HCCR蛋白B细胞抗原表位的多参数预测按KyteDoolittle方案预测氨基酸亲水性;Emini方案预测蛋白质的表面可及性；KarplusSchultz方案预测蛋白质的柔韧性；JamesonAS，SYFPEITHI和NetCTL［8］预测服务器，分别对HCCR蛋白HLAA*0201限制性细