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1、猪胸膜肺炎放线杆菌flic蛋白二级结构与B细胞表位预测2OO9正19(4)生物技术猪胸膜肺炎放线杆菌flic蛋白二级结构与B细胞表位预测13李任峰,田香勤,何启盖,赵坤,姜金庆,胡建和,王三虎¨(1.河南科技学院动物科学学院,河南新乡453003;2.新乡医学院医学研究中心,河南新乡453003;3.华中农业大学动物医学院,农业微生物学国家重点实验室动物病原分室,湖北武汉430070)摘要:目的:预测和分析猪胸膜肺炎放线杆菌(Actionobacilluspleuropneumoniae,APP)鞭毛蛋白(flic)的二级结构和B细胞表位.方法:利用生
2、物信息学方法对tlic基因推导的氨基酸序列进行结构特征和B细胞表位预测分析.结果:flic蛋白为非稳定型脂蛋白,含有2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点(39—42SirD,164—167svkI))和3个蛋白质激酶c磷酸化位点(39—41SiR,161—163TsR,164—166SvK).该蛋白无信号肽,在21Ala～38Ala处存在跨膜区的可能性最大.tlic蛋白的二级结构主要由无规卷曲区域,a一螺旋和B一折叠组成,而形成较少的转角结构.该蛋白的B细胞表位可能位于55—6l和152—158区段内或其附近区域.结论:预测结果将有助于确定tlic蛋白的B细胞表
3、位,为进一步研究flic基因功能及研制APP基因工程疫苗提供参考.关键词:猪胸膜肺炎放线杆菌;二级结构;B细胞抗原表位中图分类号:Q5l8.1文献标识码:A.文章编号:1004—311X(2009)04—0013—03PredictionofSecondaryStructureandBCellEpitopeforflicofActionobacilluspleuropneum~niaeLIRen—feng1,TIANXiang—qin,HEQi—gaij,ZHAOKun,JLNGJin—qingI,HUJian—he,GSan—hu(1.Veterin
4、aryMedicineCollege,HenanInstituteofScienceandTechnology,Xinxiang45300,China;2.MedicineResearchCenter,XinxiangMedicalCollege,Xinxiang453003,China;3.DivisionofAnimalInfectiousDisease,NationalKeyLaboratoryofAgriculturalMicrobiology,HuazlaongAculturalUniversity,Wuhan430070,China)Abs
5、tract:Objective:TopredictthesecondarystructureandBcellantigenicepitopesofAppflic.Method:BasedonAPPflicaminoacidse.quence,thesecondarystructurewaspredictedbyGOR4,PHDandSOPMA;8一turn,accessibility,flexibility,anfigenicityandhydrophilicityin.dexwerepredictedbyChou—Fasman,Emini,Kol~k
6、arandParkerrespectively.Result:TheI℃sultsshowedthatflicwasofanon—stablelipopm.tein,twocaseinkinaseⅡphosphorylafionsiteandthreeproteinkinaseCphosphorylationsitewerelocatedin№.39—42SirD,164—167SvkDand39—41SiR,161—163TsR,164—166SvKrespectively,themostpossibleBcellepitopesoftlicwere
7、locatedinoradjacenttoaminoacid55—61and152—158.Allthepredictedepitopeswerelocatedinrandomcoilframeoftheproteinforthesecondarystructure.Conclusion:Thesere.sultsprovidedreferenceandtheorybasisforresearchonfunctionofflicanddevelopinggeneticallyengineeringvaccineforAPP.Keywords:Actio
8、nobacilluspleuropneumoniae;se00
9、arystructure;B—
