sbc基因芯片研究骨肉瘤发病转移相关基因及其发现

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1、SBC基因芯片研究骨肉瘤发病转移相关基因及其发现.L.编辑。作者：曹磊，纪方，蔡晓冰，唐昊，竺伟，张瑞【摘要】［目的］运用基因芯片技术探索骨肉瘤发病及转移相关基因，研究基因表达水平对于骨肉瘤发生及转移的重要意义。［方法］采用2个公认的骨肉瘤细胞株及1个成骨细胞株，提取总RNA,合成生物素标记的cRNA与SBC基因芯片杂交。随机挑选4个差异表达基因，分别设计合成引物，用嵌合荧光法（SYBRGreenI）实时RT-PCR法定量测量术中收集的新鲜骨肉瘤标本及两株细胞中各基因的表达水平，应用ABIPri

2、sm7300分析其与成骨细胞株之间的表达差异。［结果］以表达差异≥2.0或≤0.5倍为限，在SBC芯片包含的所有基因（约15000个转录本）中，2个骨肉瘤细胞株与成骨细胞株相比较，共同上调189个基因；共同下调84个基因。随机挑选4个差异表达基因的实时RT-PCR结果与芯片结果完全相符。［结论］骨肉瘤是一种多基因病变,应用基因芯片技术有助于发现该肿瘤的基因变化规律。【关键词】骨肉瘤;基因微矩阵；基因Abstract:［Objective］Toinvestigationtherelavantgen

3、estothepathogenesisandmetastasisofosteosara,andtodiscussthesignificanceofgeneexpressioninthepathogenesisandmetastasisofosteosara.［Method］Ters,fourofthedifferentiallyexpressedgenestofurtherconfirmthearrayresultsusingtheSYBRGreenreal-timeRT-PCRmethodin

4、freshlycollectedosteosaraspecimensandthecelllines.ThedataanalysisdependedontheABIPrism7300system.［Result］Byanentrancelimitof≥2.0or≤0.5,189up-regulatedand84do-regulatedgenesedbythereal-timeRT-PCR.［Conclusion］Manygenesareinvolvedinthepathogenesisandmet

5、astasisofosteosara.Itishelpfultoapplygenearraytofindthelaor.Keyicroarray;gene目前研究认为，骨肉瘤的发生与癌基因激活，抑癌基因失活及其它基因的表达失控有关，是多种相关基因多阶段多途径协同作用的结果。基因芯片又称DNA芯片或DNA微阵列，该技术由于采用了微电子学的并行处理和高密度集成的概念，具有高效、高信息量的突出优点。本实验以骨肉瘤细胞系（MG-63，U-2OS）和成骨细胞系hFOB1.19为研究对象，应用SBC的人16

6、K基因表达谱cDNA芯片(含已知基因12581个)，通过一次重复，鉴定已知基因在骨肉瘤细胞与正常成骨细胞中的差异表达情况，并以临床切除的骨肉瘤新鲜标本及两个骨肉瘤细胞系为对象，进一步在mRNA水平上对显著差异表达的基因进行了验证。统计学分析表明，由基因芯片筛选到的差异表达基因与骨肉瘤的发病与转移密切相关。骨肉瘤的发病及转移是一个包括癌基因、抑癌基因、肿瘤相关基因等多基因参与的复杂过程。1材料与方法1.1主要材料与试剂两个骨肉瘤细胞系（MG-63、U-2OS）及一个成骨细胞系(hFOB1.19)购

7、自中国科学院上海细胞所。MEM、McCoy’s5a培养基、10%灭活胎牛血清、0.3mg/mlG418、TRIzol试剂购自GIBCO公司，Ham’sF12及无酚红DMEM培养基（1∶1）均购自SIGMA公司。引物由上海英骏生物技术有限公司合成。反转录试剂由invitorge公司提供；定量PCR试剂为ABIpoastermix(ABI,USA)；引物由上海英骏生物技术有限公司合成；定量PCR仪型号为7300Sequencedetectionsystem(ABI,USA)。实验所用的骨肉瘤组织标本

8、为2007年12月份第二军医大学长海医院骨科手术切除标本。术中切除后立即置入液氮罐中冻存备用。患者男性，25岁，为右股骨远段骨肉瘤，组织样本均经长海医院病理科免疫病理确诊为骨肉瘤，其组织分型为成骨细胞型。1.2细胞培养MG-63采用MEM培养基，添加10%灭活胎牛血清；U-2OS采用McCoy’s5a培养基，添加1.5mmol/L-谷胺酰胺及10%灭活胎牛血清。两个骨肉瘤细胞株（MG-63、U-2OS）均在37℃、5%CO2、饱和湿度的培养箱中培养。hFOB1.19成骨细胞株在34℃、5%CO2