苦瓜蛋白分子三维结构模建研究-第三军医大学学报

《苦瓜蛋白分子三维结构模建研究-第三军医大学学报》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、β-苦瓜蛋白分子结构模建研究周小东，沈富兵，郑崛村（成都医学院检验医学院，成都，610083）摘要目的：利用生物信息学的方法研究β-苦瓜蛋白一二三级结构，预测蛋白相关特性，为临床应用提供相应科学依据和理论基础。方法：使用DNAMAN软件分析β-苦瓜蛋白氨基酸组成、亲水疏水性，用生物信息学在线网站预测基本特性、二三级结构、卷曲螺旋区域、PEST序列，并用生物信息学软件分析其表面电位、可及性，建立Ramachandran图对模建结果进行了结构质量分析与检测评价。结果：β-苦瓜蛋白有249个氨基酸，等电点9.19，亲水区域和疏水区域交错分布；消光系数280nm，属于稳

2、定蛋白，平均亲水性是-0.138；二级结构中a-螺旋占42.57%，β-折叠片占20.48%，不规则卷曲占36.95%；分布着三段卷曲螺旋区域，存在五段非PEST序列，无稳定二聚体、三聚体卷曲螺旋；模建了三级结构、表面电位和可及性的空间分布，Ramachandran图检测表明此模型的结构符合立体化学规则。关键词：β-苦瓜蛋白；模建；生物信息学Thestudyofβ-momorcharinmolecularmodelingAbstract:Objiective:toconductabioinformatics-basedstudyoftheprimarysecon

3、darytertiarystructureofβ-momorcharin,predictitscorrelationalcharacteristics,andprovidescientificandtheoreticalbasisforitsclinicalapplication.Methods:touseDNAMANtoanalyzeβ-momorcharin'saminoacidcomposition,hydrophilicityandhydrophobicity,usebioinformaticsOnlinewebsitetopredictitsbasic

4、character、coils、PESTsequence,usebioinformaticssoftwaretoanalyzeitseectrostaticpotentialandaccessibility,andconstructaRamachandranplottogivemodelstructurequalityanalysisandinspectiveevaluation.Results:aminoacid249,isoelectricpoint9.19,hydrophilicity-hydrophobicityinterspersed;extincti

5、oncoefficient280nm,stableprotein，averagehydrophilicity-0.138;inthesecondarystructure，Alphahelix42.57%，Extendedstrand20.48%，Randomcoil36.95%;3coiledcoils，5PESTsequences，nostabledimerortrimer;Modelingitstertiarystructure,electrostaticpotential，andthespatialdistributionofaccessibility;t

6、heRamachandraninspectionshowsthatthemodelingstructureaccordswiththeprinciplesofstereochemistry.Keywords：β-momorcharin；modeling；bioinformaticsβ-苦瓜蛋白广泛存在于苦瓜等植物界中，它属于核糖体失活蛋白，能通过修饰核糖体大亚基rRNA从而破坏其功能，可抑制蛋白质的生物合成。近来研究表明β-苦瓜蛋白具有较强抗癌性和一定的免疫抑制功能、抗生育作用、抗病毒作用。本研究用生物信息学方法对β-苦瓜蛋白进行研究，从分子水平分析其三级结构和

7、蛋白质特性，为临床应用提供相应科学依据和理论基础。1材料与方法1．1材料数据资料来自美国国立信息技术中心NCBI，检索下载β-苦瓜蛋白序列，登陆号1CF5B。1．2β-苦瓜蛋白一级结构分析使用DNAMAN软件分析蛋白的组成特性，包括相对质量、亲/疏水性，氨基酸组成。使用在线网站ExPASy提供的Proteomics程序预测基本特性，包括消光系数、不稳定指数、脂肪指数和半衰期等[1]。1．3β-苦瓜蛋白二级结构分析使用在线网站NPS提供的二级结构预测程序，分析β-苦瓜蛋白的a-螺旋、β-转角、无规卷曲等。使在线网站expasy的Lupas程序预测卷曲螺旋区域，Mu

8、lticoil程序预测P