长链非编码RNA在肝癌研究中的数据整合分析

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1、2018届研究生博士学位论文学校代码：10269学号：52123300008———————————————EastChinaNormalUniversity博士学位论文DOCTORALDISSERTATION论文题目：长链非编码RNA在肝癌研究中的数据整合分析院系：化学与分子工程学院专业：生物化学与分子生物学研究方向：生物信息学指导教师：董东教授论文作者：马旖蓵2018年5月21日Dissertationfordoctoraldegreein2018Universitycode:10269Stud

2、entID:52123300008EastChinaNormalUniversityTitle:Integrative-analysisoflongnon-codingRNAinHepatocellularcarcinomaDepartment:SchoolofChemistryandMolecularEngineeringMajor:BiochemistryandMolecularBiologyResearchdirection:BioinformaticsSupervisor:Prof.Don

3、gDongCandidate:YijieMAMay21，2018华东师范大学学位论文原创性声明郑重声明：本人呈交的学位论文《长链非编码RNA在肝癌研究中的数据整合分析》，是在华东师范大学攻读硕士/博士（请勾选）学位期间，在导师的指导下进行的研究工作及取得的研究成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含其他个人已经发表或撰写过的研究成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中作了明确说明并表示谢意。作者签名：日期：年月日华东师范大学学位论文著作权使用声明《长链非编码RNA在肝癌研究中的

4、数据整合分析》系本人在华东师范大学攻读学位期间在导师指导下完成的硕士/博士（请勾选）学位论文，本论文的著作权归本人所有。本人同意华东师范大学根据相关规定保留和使用此学位论文，并向主管部门和学校指定的相关机构送交学位论文的印刷版和电子版；允许学位论文进入华东师范大学图书馆及数据库被查阅、借阅；同意学校将学位论文加入全国博士、硕士学位论文共建单位数据库进行检索，将学位论文的标题和摘要汇编出版，采用影印、缩印或者其它方式合理复制学位论文。本学位论文属于（请勾选）（）1.经华东师范大学相关部门审查核定的“

5、内部”或“涉密”学位论文*，于年月日解密，解密后适用上述授权。（）2.不保密，适用上述授权。导师签名本人签名年月日*“涉密”学位论文应是已经华东师范大学学位评定委员会办公室或保密委员会审定过的学位论文（需附获批的《华东师范大学研究生申请学位论文“涉密”审批表》方为有效），未经上述部门审定的学位论文均为公开学位论文。此声明栏不填写的，默认为公开学位论文，均适用上述授权）。马旖蓵博士学位论文答辩委员会成员名单姓名职称单位备注黄胜林研究员复旦大学附属主席肿瘤医院肿瘤研究所张巍教授华东师范大学袁崇刚教授华

6、东师范大学郑华军研究员上海计划生育科学研究所张鹏研究员中科院植生所内容摘要内容摘要肝细胞癌是一种全球高发的恶性肿瘤疾病。目前，对于肝细胞癌的产生和发展分子机制尚不明晰。近年来，一些研究表明长非编码RNA（longnon-codingRNA，lncRNA）在肝细胞癌细胞的异化过程中起到了关键作用，且具有成为潜在分子标志物的可能。目前，适用于肝细胞癌的lncRNA预后标志物还没有达成共识。而且，不同肝细胞癌阶段中lncRNA的动态变化及涉及的相关生物学功能的情况也尚未明确。得益于高通量测序和不断更新的

7、lncRNA注释，使用现有公开数据发掘lncRNA与肝细胞癌之间的关系成为可能。本论文基于大量已有肝细胞癌样本的转录组数据，合理运用生物信息学方法，对lncRNA在肝细胞癌中的预后能力、对癌细胞发展过程的影响和在病毒整合中涉及的功能进行了探讨。文中，我们首先对lncRNA在肝细胞癌中的预后作用进行了可行性研究。研究选取了TheCancerGenomeAtlasproject（TCGA）数据库中的364位肝细胞癌病人作为训练集和测试集、GEO数据库中GSE14520数据集的221位病人作为验证集。在

8、训练集中，我们筛选出了与病人癌症生存显著相关的四个lncRNA并构建了一个可区分病人生存概率的风险值模型。通过使用测试集和验证集验证，该风险值模型被证明有着良好的重复性和可靠性。此外，在对不同临床因素患者亚群中的分析表明，该风险值模型具有很好的独立性。为了进一步了解这些预后相关lncRNA的生物功能，我们采用了基因富集分析，其结果揭示了这些lncRNA与肝细胞癌细胞通路有密切关系。文中认为基于多个lncRNA表达丰度计算得到的风险值可以成为肝细胞癌癌诊断和预后预测的有效标志物。为了