黑麂ⅱ类mhc dqa基因第二外显子扩增及序列分析 毕业论文

《黑麂ⅱ类mhc dqa基因第二外显子扩增及序列分析 毕业论文》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、黑麂Ⅱ类MHCDQA基因第二外显子扩增及序列分析摘要：主要组织相容性复合体(majorhistocompatibilitycomplex，MHC)基因在机体对病原体免疫方面的联系已经得到越来越多的理论支持，特别是其Ⅱ类的DQ,DR基因，其多态性水平在一定程度上衡量着种群的进化潜力。作为一种功能基因遗传标记，其在非模式物种自然种群中的运用越来越多。黑麂(Muntiacuscrinifrons)为中国特有的濒危鹿科动物，其野生种群分布范围和数量正逐步缩小。本文扩增了51个黑麂样品的MHC-DQA第二外显子部分序列，结果得到3个等位基因，彼此之间

2、的核苷酸差异从7到20个（氨基酸差异从4到14个）。没有一个个体获得两个以上等位基因，这说明这些序列可能来自单座位。抗原结合位点(antigen-bindingsiteABS）上的非同义替代（dN=0.156±0.059）显著大于其同义替代率(dS=0.012±0.011)，这暗示着DQA基因曾遭受正选择作用。关键词：黑麂；鹿科；MHC；DQA；序列分析TheStudyofMHCⅡDQAexon2amplificationandsequenceanalysisintheMuntiacuscrinifronsAbstract:Themajor

3、histocompatibilitycomplex(MHC)hasgainedthemoreandmoretheoreticalevidencesoftherelevanceinpathogenresistance.ParticularlytheDQ,DRgenes,whichthelevelofpolymorphismindicatedthepotentialevolutionaryabilitytosomeextent.Asageneticmarkeroffunctionalgene,itusedalotinnon-modelspeci

4、esinnaturalpopulations.ThedistributionofthewildpopulationsofBlackMuntjac(Muntiacuscrinifrons),anendangeredspeciesendemictoChina,isverynarrowanditsnumberisdecreasing.Inthisstudy,weamplifiedpartialMHCclassIIDQAexon2sequencesfromM.crinifrons.Asaresult,threeallelesweredetected

5、in51investigatedsamples,whichdifferfromeachotherbyseverto20nucleotidesubstitutions(fourto14aminoacidsubstitutions).Noasingleindividualobtainedmorethantwoalleles,whichsuggeststhesesequencesmaybefromasinglelocus.Asignificantlyhigherrateofnon-synonymousesubstitutions(dN=0．156

6、±0.059)thansynonymoussubstitutions(dS=0.012±0.011)inantigen-bindingsite(ABS)codonsindicatedpositiveselectionintheDQAlocus.Keywords:Muntiacuscrinifrons；Cervidae；MHC；DQA；sequenceanalysis1.引言:黑麂(Muntiacuscrinifrons),属偶蹄目(Artiodactyla)鹿科(Cervidae)麂属(Muntiacus)，为我国特有动物，是典型的亚热带山

7、地森林动物。在我国被列为国家一级保护动物，在濒危野生动植物物种国际贸易公约(CITES)和国际自然与自然资源保护联盟(IUCN)名录中分别被列入附录Ⅰ和易危(VU)级，被公认为目前世界上最珍稀的鹿科动物之一。黑麂现仅分布于皖南、浙西以及与之接壤的江西和福建的局部山区，野生种群数量十分稀少（盛和林，1987）。利用中性分子标记对该物种野生3个种群的遗传结构分析结果发现，历史上，黑麂种群经历了明显的瓶颈效应，遂昌种群与黄山以及天目山种群之间已经发生了显著的遗传分化，种群间的基因流受阻（Wuetal.,2006,2007）。合肥野生动物园内的黑麂

8、圈养种群始于1987年，1989年获得圈养条件下的成功繁殖，种群数量最多时近50头（包括从该园向其它地区的输出个体），遗传分析结果表明，该种群遗传多样性远远低于野生种群，建群个体