雄激素依赖型与非依赖型前列腺癌基因芯片数据分析

《雄激素依赖型与非依赖型前列腺癌基因芯片数据分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在应用文档-天天文库。

1、雄激素依赖型与非依赖型前列腺癌基因芯片数据分析作者：罗烈伟，马文丽,郑文岭【摘要】目的根据高通量基因表达谱数据,采用数据挖掘技术识别前列腺癌相关的特征基因与功能,探讨雄激素非依赖型前列腺癌形成的分子机制。方法应用GeneSifter在线分析软件对6个雄激素依赖型前列腺癌(ADPC）和6个雄激素非依赖型前列腺癌(AIPC）基因芯片数据分成两组进行分析。结果筛选得到348个差异表达基因，并发现这些差异表达基因涉及的生物学过程和KEGG通路的一些相关基因。结论雄激素非依赖型前列腺癌的形成可能与GREB1protEin基因表

2、达下调有关，并在细胞通讯和细胞黏附等过程和通路方面与雄激素非依赖型前列腺癌的形成有一定关系。【关键词】ADPC；AIPC；基因表达谱；数据分析　　Abstract:ObjectiveToinvestigatethemolecularmechanismsofandrogen-independentprostatecancerusingmicroarraydata.MethodsMicroarraydatafromtheGeneExpressionOmnibus(GEO)inethemolecularchangesbet

3、aryprostatetumors.Thisdataseticroarrayanalysissoftetabolism,cellcycle,macromoleculebiosynthesis,andcelladhesion.ConclusionsTheGREB1protEIngenepossiblyplaysanimportantroleinandrogen-independentprostatecancer.Gene’schangesofcelladhesionandcellmunicationalsocontri

4、butetotheunderstandingofandrogen-independentprostatecancer.　　Keynibus(GEO)的12个ADPC和AIPC基因表达谱芯片数据作进一步生物信息学分析，以了解PC在雄激素剥夺治疗后的基因表达变化，并进一步探讨AIPC形成的分子机理，并为其他研究提供参考。　　1材料与方法　　基因表达谱芯片数据来自GEO公共数据库，由BESTCJ等提交的GSE2443系列20个样品芯片数据中选取12个，分别是6个AIPC患者和6个ADPC患者原位肿瘤活检组织用激光捕获显微切

5、割（LCM）方法取得的样品经RNA提取、扩增、逆转录和荧光标记等步骤，最后与AffymetrixHumanGenomeU133A芯片杂交，经AffymetrixGeneChipScanner3000扫描得到原始图像数据，再经标准化等处理后输出的芯片数据［4］。　　GeneSifter属于基因芯片数据网络在线分析工具，经登陆GeneSifter网站以个人名义注册可以得到一定期限功能完整的免费试用。　　从GEO下载下来的压缩数据经解压缩得到的是CEL文件格式，再将需要上传的12个GEL文件压缩成一个ZIP格式文件上传至G

6、eneSifter网站进行分析，启动pair-iniandHochberg；数据转换：DataAleadyLogTransformed。原数据已经过GC-RMA对数转换和标准化处理［5］，由于是两组样本的比较，所以采用t检验，筛选阀值至少为1.5，P<0.05，用BenjaminiandHochberg校正方法减少假阳性［6］。经过上述设置筛选得到的差异表达基因，进一步用GeneSifter软件自带的GeneOntology(GO)工具和KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes(KE

7、GG)通路分析其生物学意义。　　2结果　　2.1基因表达差异筛选结果　　表达差异基因筛选得到348个基因，其中108个基因表达上调，占31.0％；240个基因表达下调，占69.0％。以ADPC样品的荧光信号强度值为X轴，AIPC样品的荧光信号强度值为Y轴，作基因表达谱散点图（图1），可以直观地表示两组样品间基因表达差异情况。每一个点代表芯片上一个基因点的杂交信号值，没有差异表达的基因分布在斜线周围，而远离斜线则为差异表达的基因。　　图1AIPC和ADPC基因表达谱散点图（略）　　Fig.1Thescatterspot

8、ofthegeneexpressionprofileofADPCandAIPC　　2.2生物学意义分析结果　　2.2.1GO分析结果GO分析结果发现差异基因涉及的生物过程按Z分值从大到小排序上调的有细胞黏附、细胞发育过程、细胞表面受体有关信号转换过程等，下调的有翻译、大分子生物合成、细胞生物合成等,见表1。Z分值表示在GO和KEGG通路分析报告