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1、第44卷第2期林业科学Vol144,No122008年2月SCIENTIASILVAESINICAEFeb.,20083白桦EST2SSR信息分析与标记的开发王艳敏魏志刚杨传平(东北林业大学林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室哈尔滨150040)摘要:对NCBI(美国国立生物技术信息中心)中2548条欧洲白桦ESTs的序列进行分析,结果表明:其中260条ESTs中含有306个SSRs,为全部ESTs序列的1012%,SSR频率为12101%。其中,二核苷酸重复比例为81137%,三核苷酸重复比例为1
2、6167%,四核苷酸重复比例为1196%。不同软件设计引物的效率不同,Primer3设计出176对SSR引物,在白桦中扩增成功的引物比例为59109%,而具有多态性的引物比例仅为25196%;SSRPrimer设计出100对引物,在白桦中扩增成功的引物比例为37%,而具有多态性的引物比例为48165%。关键词:欧洲白桦;白桦;EST;SSR;标记中图分类号:S718146文献标识码:A文章编号:1001-7488(2008)02-0078-07DataMiningforSSRsinESTsandEST
3、2SSRMarkerDevelopmentinBetulaplatyphyllaWangYanminWeiZhigangYangChuanping(KeyLaboratoryofForestTreeGeneticImprovementandBiotechnologyofMinistryofEducationNortheastForestryUniversityHarbin150040)Abstract:Throughthesequenceanalysisof2548ESTsinBetulapendul
4、adepositedinNCBI,wefoundthat306SSRsweredistributedin260ESTsoutof2548ESTssequences,accountingfor1012%ofthewholeESTsequences.ThefrequencyofSSRwas12101%,inwhich,therepetitiveproportionsofdinucleotide,trinucleotide,andtetranucleotidewere81137%,16167%,and119
5、6%,respectively.Moreover,theefficiencyofprimerdesignwithvarioussoftwareswasdifferent.Thesoftware,Primer3,designed176pairsofSSRprimers,theproportionofprimers,whichweresuccessfullyusedforamplifyingDNAfragmentsofB.platyphylla,was59109%,andtheproportionofpr
6、imersthatproducedpolymorphicfragmentswas25196%.Thesoftware,SSRprimer,designed100pairsofprimers,theproportionofprimers,whichweresuccessfullyusedforamplifyingDNAfragmentsofB.platyphylla,was37%,andtheproportionofprimersproducingpolymorphicfragmentswas48165
7、%.Keywords:Betulapendula;Betulaplatyphylla;EST;SSR;marker传统基因组来源的SSR开发需要基因组文库构建、探针杂交和克隆测序等繁杂的操作程序,这不仅费时、费力,而且开发成本很高,极大地制约了其发展和应用(Kotaetal.,2001)。随着功能基因组学的迅速发展,GenBank(基因序列数据库)中积累了许多重要物种的大量ESTs(expressed2squencetags)序列,这些序列已经成为发展SSR标记(EST2SSR)的重要资源。与来自基因
8、组中随机分布的SSR标记相比,基于EST开发的SSR标记位于基因的转录部分,反映了基因的编码部分,可以直接获得基因表达的信息,因而与功能基因紧密连锁,而且它在近缘物种间具有高度的可转移性和通用性。目前,EST2SSR的开发在农作物中应用广泛,在甘蔗(Saccharumofficenarum)(Cordeiroetal.,2001)、小麦(Triticumaestivum)(Eujayletal.,2002;Guptaetal.,2003;Gaoetal.
