甘蓝型油菜、白菜、甘蓝的BAC末端序列与EST序列分析

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1、华中农业大学2010届硕士研究生学位论文4.3.3三物种UGMS不同motif在不同基因组区域的差异分布..............……484.3.4三物种翻译区的氨基酸差异分布......................................................……504.4小结................................................................................................................……515.讨论...

2、.......................................................................................................................……535.1BAC末端序列分析的作用及意义...............................................................……535.2EST-SSR分析的作用及意义.................................................

3、.......................……545.3生物信息学对生物学工作者的作用及发展前景........................................……54参考文献.....................................................................................................................……56附录......................................................

4、.......................................................................……66致谢.............................................................................................................................……69产华中农业大学2010届硕士研究生学位论文摘要随着测序技术的不断进步和发展，基因组序列信息成指数增长，利用生物信息学方法分析基因组序列的技

5、术也逐步成熟。并且有很好的模式生物(如:拟南芥)的信息可以利用，为研究近缘物种起到了很好的桥梁作用。本研究首先研究了芸蔓属的三个物种(B.。aPu:、B.raPa、B.oleracea)的BAC末端序列，从重复序列的组成和比例、GC含量及SSR的分布方面做了初步的比较研究。B.n叩us、B净闷只刀a、B.oleracea重复序列所占的比例分别是:23.36%、19.38%、19.44%。B.naPus在整体上重复序列最多可能是由于物种杂交使得基因组加倍造成的。在sSR的分布上，B.naPus和B.oleracea之间的相似性较B.naPus和B

6、了刀夕a的相似性好。同时发现在三个物种中都分布比较均匀的6中三核昔酸重复:AAG、CTT、AGT、ACT、ATT、AAI，。由于芸蔓属作物和模式植物拟南芥的亲缘关系较近，本实验室也已经有B.naPus的遗传图谱。因此本研究还用B.naPusBAC末端序列和拟南芥全基因组进行了精细比对，有5%左右的B.。aPu，BAc末端高质量序列双端都能匹配在拟南芥基因组的一定区域内。根据此信息，实验室有关人员选取了目标区段，进行了B.naPusBAC末端的分子定位。有5个B.naPusBAC末端重新定回目标区段。本实验室的B.naPus遗传图谱上有一些刀.r

7、aPa的BAC标记，尤其分布在B.naPusA3、Ag上，同时本实验室具有一部分B.raPa的BAC序列信息。因此本研究又用B.naPusBAC末端序列和B.raPa的A3、AgBAC序列进行了精细比对。总共在77个BJ月只刀aA3、Ag上的BAC上，找到298对B.nopus的BAC末端序列，两端都比对在B了只刀aBAc上。接着对298个油菜BAC进行了筛选，共找到30个待分子定位的B.naPusBAC。最终，7个重新定位到A3染色体;4个重新定位到Ag染色体;2个定位到Cg染色体。公共数据库中，芸蔓属的EST序列已经非常丰富。本研究还从NC

8、BI上下载了刀.n叩u:655，520条，刀.oleracea63，182条EsT序列进行分析。将结果和梁翠提供的182，703条B.raPaEsT分