草莓镶脉病毒SVBVORFⅠ基因的克隆及序列分析

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1、网络出版时间：2010-11-1514:51吉林农业大学学报2010，11http://xuebao.jlau.edu.cnJournalofJilinAgriculturalUniversityE-mail:jlndxb@vip.sina.com*草莓镶脉病毒（SVBV）ORFⅠ基因的克隆及序列分析**贾琳，倪方锐，李瑞，蒋磊，丁菲，江彤安徽农业大学植物保护学院，合肥230036摘要：用CTAB法从感染草莓镶脉病毒（SVBV）的草莓叶片中提取总DNA，设计特异性引物扩增含有SVBVORFⅠ的片段，克隆并测序。序列分析表明，该片段全长103

2、3个核苷酸，其中包含的ORFⅠ全长987个核苷酸，编码328个氨基酸。结果表明:将其与花椰菜花叶病毒属其他成员的ORFⅠ序列相比较，中国SVBVORFⅠ与美国SVBVORFⅠ序列相似性最高，达88.3%。进一步构建SVBV及其同属其它成员ORFⅠ的系统关系树，结果显示，中国SVBVORFⅠ与美国SVBVORFⅠ单独形成一个亚分支，说明来源于草莓的2个SVBV亲缘关系最近。关键词：草莓镶脉病毒;ORFⅠ;克隆;序列分析中图分类号：Q785网络出版地址：http://www.cnki.net/kcms/detail/22.1100.s.2010

3、1115.1451.001.htmlDOI:CNKI:22-1100/S.20101115.1451.001CloningandSequenceAnalysisofGeneORFⅠofStrawberryveinbandingvirus(SVBV)JIALin,NIFang-rui,LIRui,JIANGLei,DINGFei,JIANGTongSchoolofPlantProtection,AnhuiAgriculturalUniversity,Hefei230036,ChinaAbstract:ThetotalDNAwasextract

4、edfromstrawberryleavesinfectedwithSVBVbyCTABmethod.SpecificprimerpairwasdesignedtoamplifythefragmentincludingSVBVORFⅠ,andthenthefragmentwasclonedandsequenced.Sequenceanalysisresultsshowedthatthefragmentwasconsistedof1033nts,including987ntsoffull-lengthORFⅠgeneencoding328am

5、inoacids.ComparingthesequenceofSVBVORFⅠwiththatoftheORFⅠofothermembersofCaulimovirus,theresultshowedthatChineseSVBVORFⅠsharedthehighestsequencesimilarity(88.3%)withthatoftheAmericanSVBV.AphylogenetictreebasedonalignmentofthenucleotidesequencesofORFⅠofSVBVandothermembersofC

6、aulimoviruswasconstructed.TheresultindicatedthattheChineseSVBVORFⅠandtheAmericanSVBVORFⅠclusteredintoaseparatesubgroup.ItillustratedthatthetwoSVBVderivedfromstrawberryhadtheclosestrelationship.Keywords:Strawberryveinbandingvirus;ORFⅠ;clone;sequenceanalysis*基金项目：国家自然科学基金项目（

7、30740033），安徽省教育厅自然科学基金重点项目（KJ2009A105，KJ2008A133）作者简介：贾琳，女，硕士研究生，主要从事植物病毒学研究。收稿日期：2010-07-21网络出版日期：**通讯作者2吉林农业大学学报2010年11月草莓镶脉病毒（Strawberryveinbandingvirus,生物工程有限公司；琼脂糖电泳中所用的DL2000SVBV）是一种严重危害草莓的潜隐性病毒，在世界plusmarker购自北京全式金生物技术各地尤其在南北美、欧洲、澳大利亚、日本等国家和（TransGenBiotech）有限公司；琼脂糖

8、凝胶DNA[1-3]地区广泛分布。目前，关于SVBV在我国吉林、辽纯化回收试剂盒与质粒小提试剂盒购自天根[4-5]宁、河北、河南等省都有报道，它以半持久性方（Tiangen）生化