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1、斑马鱼cDNA序列的分析仲寒冰本文应用生物信息学方法分析了斑马鱼(Daniorerio)的一条cDNA序列Seq1(从cDNA文库中筛选而来,编号命名采用原始的顺序号,无特殊含义).Seq1长度为1385bp,GC含量为40.43%.测序时先从两端各读500bp,然后设计引物,测通中间的部分,最后把3段序列用EMBOSS软件包中的Merger拼成一条完整的cDNA序列,其中仍然有12个碱基未读出,集中在3’端(第1171碱基之后).选择em_est,em_mam,em_hum等数据库,用blast比对Seq
2、1,结果显示Seq1与embl数据库中的ID为AW762159的序列相似度较高,Score=145bits(73),Expect=9e-32,Identities=193/233(82%),Strand=Plus/Plus.而AW762159与人的STATHMIN很相似.图中红色的是embl数据库中已有的斑马鱼cDNA序列,与Seq1几乎完全相同(从侧面验证了Seq1测序无误).最后一条红线下方第9条紫色线是AW762159.用plotorf寻找开放阅读框.如图然后用getorf–minisize300–n
3、oreverse(因为是cDNA序列)得到两个翻译成多肽的开放阅读框orf1,orf2,长度分别为165和100个氨基酸,orf1和orf2都在第1171碱基之前.接下来用pepinfo显示氨基酸残基的信息:orf1.orf2.用garnier显示二级结构:orf1,Residuetotals:H:141E:8T:3C:13;percent:H:94.6E:5.4T:2.0C:8.7,可见其中α螺旋占了绝大部分,达到94.6%,说明可能是一种膜蛋白或者骨架蛋白;orf2,Residuetotals:H:14
4、E:34T:40C:12percent:H:16.7E:40.5T:47.6C:14.3,说明是无规则的线团,或许在体内选取不同的读码框架会翻译出不同的蛋白质最后分别用patmatmotifs在prosite数据库中和pscan在prints数据库中搜索motifs.orf1用patmatmotifs搜索的结果:找到一个motif,”STATHMIN_2with1_1from91to100”VLKHLAEKREHEKEVLQKAM
5、
6、91100orf1用pscan搜索的结果,只有第3和第4类的motifs:
7、CLASS3NotallelementsmatchbutthosethatdoareinorderFingerprintERYTHCRUORINElements4AccessionnumberPR00611ErythrocruorinfamilysignatureElement1Threshold27%Score29%Startposition35Length23Element1Threshold27%Score28%Startposition10Length23CLASS4Remainingpartial
8、matchesFingerprintALCDHDRGNASEElements6AccessionnumberPR01168InsectalcoholdehydrogenasesignatureElement5Threshold31%Score35%Startposition68Length16orf2用patmatmotifs搜索的结果:找到一个motif,”patmatmotifsofCYTOCHROME_Cwith1_2from27to32”TCSLVCQYCHPLSLIK
9、
10、2732orf2用psca
11、n搜索的结果,只有第3和第4类的motifs:CLASS3NotallelementsmatchbutthosethatdoareinorderFingerprintGEMCOATBR1Elements7AccessionnumberPR00225GeminivirusBR1coatproteinsignatureElement3Threshold30%Score32%Startposition84Length15CLASS4RemainingpartialmatchesFingerprintEUTPISM
12、RASEIElements6AccessionnumberPR00416EukaryoticDNAtopoisomeraseIsignatureElement6Threshold34%Score38%Startposition62Length12综合以上的分析来看,还不能确切的预测Seq1的功能,虽然blast和orf1的patmatmotifs的结果支持Seq1与STATHMIN相似,但是还不充分,需要进一步分
