资源描述：
《基因芯片数据库geo与arrayexpress的使用及比较分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。
1、文章编号：1005-8982（2014）12-0038-05·综述·基因芯片数据库GEO与ArrayExpress的使用及比较分析周大琼1，曹继华1，任力锋2综述张阳德1审校（1.中南大学湘雅医院肝胆肠外科研究中心，湖南长沙410008；2.中南大学生物医学工程研究院，湖南长沙410008）摘要：本文比较了两种常用综合基因芯片数据库GEO与ArrayExpress的使用。从数据库概念与结构、检索、上传与下载方法及数据分析方式等几个方面进行比较分析。两个数据库均分为原始数据库与集成数据库两部分，GEO的原始数据又分别放置于平台、样本
2、和系列中；检索结果内容有很大的相似性；但ArrayExpress同时引用了GEO中的数据；数据上传需要运用数据库自带的上传工具；数据下载可直接在线进行；两个数据库均带有分析工具。两个数据库各有特点，使用者可根据研究需要和自身喜好进行选择或综合利用。关键词：GEO；ArrayExpress；使用；比较中图分类号：R-1文献标识码：AUsageandcomparativeanalysisofGEOandArrayexpressMicroarrayDatabaseZHOUDa-qiong1,CAOJi-hua1,RenLi-feng2,
3、ZHANGYang-de1(1.NationalHepatobiliaryandEntericSurgeryResearchCenter,CentralSouthUniversity,Changsha,Hunan410008,P.R.China;2.InstituteofBiomedicalEngineering,CentralSouthUniversity,Changsha,Hunan410008,P.R.China)Abstract:Thispapercomparesthetwokindsofcommonlyusedgenec
4、hipdatabasesGEOandArrayexpress.Anddoacomparativeanalysisfromseveralaspects,suchasconceptandstructureofthedatabase,retrieve,uploadanddownloadmethod,dataanalysismethodsandsoon.Thistwodatabasesarebothdividedintotwoparts,theorigi－naldatabaseandintegrateddatabase.Theorigin
5、aldataofGEOareplacedinplatform,samplesandseriesrespec－tively.Therearegreatsimilaritiesincontentretrievalresults.Atthesametime,ArrayexpressreferencesthedataintheGEO.Anuploadtoolwillbeusedwhenuploaddata,butthedatadownloaddirectlyonline,andtheybothhaveanalysistools.These
6、twodatabaseshavedifferentfeatures,thechoiceofdatabaseisdictatedbyourspecialneeds.Keywords:GEO;Arrayexpress;usage;comparison随着基因芯片技术的应用，产生了大量的实验数据，仅凭借实验的方法发现及分析数据已远远不能满足科研的需求，科研人员急需一个集成数据库，储存、处理、整合多组数据，以便检索、分析及下载。20世纪90年代，SCHENA[1-2]、LOCKHART[3]等分别发表利用cDNA芯片研究拟南芥基因表达、高
7、通量oligo表达谱芯片的文章标志着基因芯片数据研究的开始。近年来，伴随着大肠杆菌[4]、酵母[5]、果蝇[6]、小鼠[7]、拟南芥[8]等模式生物基因组序列数据的公布以及人类基因组计划的完成[9-10]，生命科学研究已经进入“后基因组时代”。基因芯片在现代生命科学研究中具有非常重要的用途：如用于基因表达谱测定[11]、检测DNA突变[12-13]、microRNA表达的检测、DNA上甲基化位点的检测[14-15]、DNA多态性分析、分子杂交收稿日期：2013-08-17[通信作者]张阳德，E-mail：zyd99@189.cn·
8、38·第12期周大琼，等：基因芯片数据库GEO与ArrayExpress的使用及比较分析测序（sequencingbyhybridization，SBH）等[16]。通过存储访问和分享高通量芯片数据可以：①不局限于某个特定的实验或某一系列实验，利用
