本地BLAST使用方法.doc

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1、formatdb-imonth.nt-pF-oT -iinputfile参数用于指定需要格式的数据库 -ptypeoffile用于指定文件类型，T为蛋白质，F为核酸，默认为T -oparseoptions用于指定是否解析序列ID并创建索引T为创建，F为不创建，默认为F。blastall-pblastn-dmonth.nt-itest.txt-oout.txt–m8–e10e-20-pprogramname为需要使用的程序名  blastn为核酸序列对比搜索  blastp为蛋白质序列对比搜索  blastx为用被翻译的核酸序列在蛋白质数据库

2、中搜索  tblastn为用蛋白质序列在[核酸序列翻译后数据库][**1]中搜索  tblastx为用翻译后的核酸序列在核酸序列翻译后数据库中搜索 -ddatabasename指定所使用的数据库名称-iinputfile待搜索的序列文件-ooutputfile指定保存结果的文件-m8表格形式输出-e10e-20设置evalue的值即可在out.txt中得到相应的结果。 此外，之前由于在使用formatdb.exe使没有使用-oT参数，导致没有生成索引文件，出现了以下错误提示：WARNING:Test:Couldnotfindindexfil

3、esfordatabasemonth.nt一个正确的解决办法，那就是在使用formatdb.exe时,不要忘了-o参数，因为这个参数默认是不创建索引的，另外数据库的类型不要弄错了！