Blast程序本地化使用的方法.doc

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1、Blast程序本地化使用的方法Blast程序的下载地址: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/blast-2.2.9-ia32-win32.exe 数据库的下载ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/其中nr.gz为非冗余的数据库，nt.gz为核酸数据库month.nt.gz为最近一个月的核酸序列数据。 下载完后，blast-2.2.9-ia32-win32.exe为自解压文

2、件，双击运行后，在当前目录中会释放许多程序。 下载的month.nt.gz先用winrar解压缩。得到month.nt然后使用formatdb.exe对数据库进行格式化。在MS-DOS环境下，输入formatdb.exe-imonth.nt-pF-oT -iinputfile参数用于指定需要格式的数据库 -ptypeoffile用于指定文件类型，T为蛋白质，F为核酸，默认为T -oparseoptions用于指定是否解析序列ID并创建索引T为创建，F为不创建，默认为F。 接着就是blastall.e

3、xe的使用先找到要对比的序列，这里是从程序包使用说明中拿来的一段FASTA格式的序列作为测试序列。  >TestAGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAATATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAAC

4、GCATTAGCACCACCATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAGCCCGCACCTGACAGTGCGGGCTTTTTTTTTCGACCAAAGGTAACGAGGTAACAACCATGCGAGTGTTGAAGTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCCAGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCT

5、CTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTGAAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAATATCAGCGATGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTT 将此段序列保存为test.txt置于程序目录下。 然后在DOS窗口下，使用blastall-pblastn-dmonth.nt-itest.txt-oout.txt-pprogramname为需要使用的程序名  blastn为核酸序列对比搜索  blastp为蛋白质序列对比搜索

6、  blastx为用被翻译的核酸序列在蛋白质数据库中搜索  tblastn为用蛋白质序列在[核酸序列翻译后数据库][**1]中搜索  tblastx为用翻译后的核酸序列在核酸序列翻译后数据库中搜索 注:[**1]原英文为translatednucleotidedatabase意思为，将核酸序列通过计算机翻译为对应的蛋白质序列而形成的数据库，此处我自己水平有限，不知道该怎么正确翻译，特此注明。 -ddatabasename指定所使用的数据库名称-iinputfile待搜索的序列文件-ooutputfi

7、le指定保存结果的文件 即可在out.txt中得到相应的结果。 此外，之前由于在使用formatdb.exe使没有使用-oT参数，导致没有生成索引文件，出现了以下错误提示：[NULL_Caption]WARNING:Test:Couldnotfindindexfilesfordatabasemonth.nt在此说明，希望能对以后遇到和我一样错误的人，一个正确的解决办法，那就是在使用formatdb.exe时,不要忘了-o参数，因为这个参数默认是不创建索引的，另外数据库的类型不要弄错了！