生物信息学实习三宋捷.doc

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1、生物信息学实习三学号：姓名：宋捷专业年级实验时间：2012-6-29实验目的：1.学会用BLAST+进行本地数据库搜索2.学会使用HMMER进行HMM模型构建，数据库搜索和序列比对实验内容：1.利用BLAST+进行本地数据库建立（makeblastdb），过滤（核酸：dustmasker蛋白：segmasker），及目标序列搜索构建好的数据库（核酸：blastn蛋白：blastp）。2.使用HMMER进行HMM建模（Hmmbuild），数据库搜索（hmmsearch）及序列比对（hmmalign）。比较MUSCL

2、E比对及HMM比对的优劣。作业：1.Searchfornucleotidesequencesof yeast inthenucleotidedatabaseofNCBI,limitthedatabasetoRefseq,saveallthesequencesinfastaformat.Constructafiltereddatabasewith dustmasker and makeblastdb programfromtheretrievedyeastsequences.Usethenucleotidesequ

3、enceof yeastDNAtopoisomerase1 asthequerytosearchtheyeastnucleotidedatabase.Brieflydescribeyoursteps,givethecommandsthatyouusedfordatabaseconstructionandsearch,explainwhateachcommandsdo.Howmanyhitshaveyoufound?Whatistherelationshipbetweenthehitsandthequerysequ

4、ence?(relatedorunrelated？orthologousfromdifferentorganismsorparalogsfromsameordifferentorganism?)Searchdetails"Saccharomycescerevisiae"[Organism]ANDrefseq[filter].Result6030RefSeq.Downloaditsfastafile.MakefilelocateInput“dustmasker-inyeast.fasta-infmtfasta-pa

5、rse_seqids-outfmtmaskinfo_asn1_bin-outyeast_dguolv.asnb”and“makeblastdb-inyeast.fasta-input_typefasta-dbtypenucl-parse_seqids-mask_datayeast_dguolv.asnb-outyeast2“into“cmd”EnterNucluotideadvancesearching,inputyeastintoOrganism,input“topoisomerase1”toallfields

6、.Downloadits“topoisomerase1”gennesequence.Asshowninfigure(Thefilteredinfo).搜索时限定物种，所以搜索结果中的基因不存在直系同源关系，当限定是拓扑异构酶时，结果中有它的1型2型的等变体，他们应该是并系同源，以及在每个染色体上的该基因的位置和序列，也应该是并系同源，很多结果是由相同的物种同染色体不同的个体得到的，应该大体是同一个基因，可能存在点突变,直系同源（没有细查）。blastn-taskblastn-queryDNAtopoisomera

7、se1.fasta-dbyeast2-outresult.txt共29条前两条结果相同，是该序列。其余的全是该物种酵母，有些是挑出来基因和染色体中的基因，同一个。在不同染色体上的该基因及其变体之间的关系可能为并系同源（但得分很低），其他的大多数非同功能的基因相似度并不高，可能是随机匹配上的.1.Searchtheproteindatabasefor“nitrogenase”sequences,limitthedatabasetoRefSeqandsavetheresultsinfastaformat.Constr

8、uctthefilteredproteindatabasewithsegmaskerandmakeblastdbprogram.ThensearchtheproteindatabasefornifDfromRhizobiumetliasthequery（500aa）.Searchtheconstructedproteindatabaseforpossiblehits,br