二代测序技术在非小细胞肺癌中的临床应用.ppt

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1、NGS技术在非小细胞肺癌精准治疗中的应用目录123DNA测序技术简介非小细胞肺癌精准治疗概述NGS检测技术贯穿非小细胞肺癌精准治疗全程DNA测序技术简介PART01DNA测序技术的发展历程一代测序技术二代测序技术(NGS)三代测序技术化学降解法双脱氧链终止法（Sanger法）荧光自动测序技术杂交测序技术Roche公司的454测序技术Illumina公司的Solexa技术ABI公司的SOLiD技术Life公司的IonTorrent技术Helicos公司的Heliscope单分子测序仪PacificBiosciences公司的SMRT技术OxfordNan

2、oporeTechnologies纳米孔单分子测序技术孙海汐,王秀杰.DNA测序技术发展及其展望[J].科研信息化技术与应用,2009(03):18-29.20世纪中叶至20世纪末2005年至今2008年至今各大DNA测序技术的比较技术代表技术通量时间优势劣势第一代DNA测序Sanger（双脱氧链终止法）为代表低1977年1）准确率高2）读长较NGS长1）通量低、成本高2）对样本中肿瘤细胞的含量和比例要求较高3）灵敏度低第二代DNA测序（NGS）边合成边测序高2005年1）大规模平行测序2）定量3）比Sanger技术成本低廉4）灵敏度高，适用于起始浓度

3、很低的样本（液态活检）1）错误率较Sanger测序高2）样本建库流程繁琐3）多次PCR存在系统误差，无法通过后续加深测序纠正4）数据量大，对后续数据的拼接、生物信息学分析要求极高第三代DNA测序单分子测序中-高2008年1）读长长2）单分子测序，无需建库、模板扩增，保留样本最原始的信息。3）测序同时可检测碱基修饰的情况，如甲基化、乙酰化等4）可以做全转录本的测序，分析可变剪切1）由于建库无需PCR，因此对于上机样本的浓度要求较高2）测序成本较NGS高3）目前临床应用的实例较少4）无法表达定量DNA二代测序技术（Nextgenerationsquenci

4、ng，NGS）的应用ABDEC2009年，NGS用于罕见遗传病分子病因学研究和诊断遗传病2008年首次报道NGS应用于急性髓细胞性白血病，此后NGS被广泛应用于肿瘤领域；2014年，NGS技术应用于血浆ctDNA检测；2017年11月，FDA批准首个肿瘤多癌肿多基因检测平台MSK-IMPACT；2017年12月，FDA式批准了首个NGS体外诊断（IVD）上市肿瘤2013年，NGS应用于人类胚胎细胞非整倍体筛查的临床前研究胚胎植入前遗传学诊断与筛查2008年，华大基因尝试用NGS检测胎儿游离DNA2010年，基于NGS的无创产前筛查开始进入临床无创产前D

5、NA检测……DNA二代测序技术的应用非小细胞肺癌精准治疗概述PART02在中国，肺癌的发病率及死亡率均居第一位陈万青，等.2013年中国恶性肿瘤发病和死亡分析[J].中国肿瘤2017，26（1）：1-7肺癌从单病种—组织分型—分子分型的演变肺癌分为非小细胞肺癌(NSCLC)和小细胞肺癌(SCLC)两大类，NSCLC约占85%，主要分为肺腺癌、肺鳞癌和大细胞癌等。肺腺癌约占NSCLC40%-50%，肺鳞癌约20%-30%，大细胞癌约1.5%NSCLC不再是一个疾病，而是一组疾病，需要分类治疗，分子分型是关键XuYetal.,TherClinRiskMan

6、ag.2016May24;12:807-16Shamesetal.,JPathol.2014Jan;232(2):121–33LiT,etal.JClinOncol.2013Mar10;31(8):1039-49.HerbstRSetal.,Nature.2018Jan24;553(7689):446-454欧美人群与中国人群NSCLC的分子特征有所不同HerbstRS等2018年1月发表于《Nature》的综述中指出欧美人群中：肺腺癌中常见激活突变位于PI3K/AKT/mTOR和RAS/RAF两大信号通路，包括癌基因EGFR、KRAS、ERBB2/3

7、、MET、ALK、RET、ROS、BRAF等。失活突变包括抑癌基因TP53、KEAP1和NF1等肺鳞癌中常见激活突变包括癌基因FGFR1-3、PIK3CA、KRAS、AKT、BRAF等，较少见EGFR扩增。失活突变包括抑癌基因TP53、CDKN2A欧美人群与中国人群NSCLC的分子特征有所不同Oncotarget.2016Jul5;7(27):41691-41702.A.1770例中国NSCLC患者测序结果显示常见激活突变包括癌基因EGFR、KRAS、ALK、ERBB2(HER2)、MET、RET、BRAF、ROS1等。其中EGFR突变比例为50.3%

8、，占据NSCLC突变半壁江山，远高于欧美人群27%B.904例非吸烟肺腺癌患者测序结果显示常见