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1、封面页（设计好之后可以删掉这个文本框哦）LncRNA分析介绍袁力赟2015-8-28目Contents1LncRNA的定义、分类、功能2LncRNA数据库3LncRNA分析流程及软件Basepair苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cn目Contents1LncRNA的定义、分类、功能2LncRNA数据库3LncRNA分析流程及软件Basepair2015/8/14苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cn经典的分子生物学中心法则,mRNA的功能即编码蛋白质。2002年Okazaki等
2、在NATURE上发表论文，对小鼠全长互补DNA(cDNA)文库的大规模测序过程中首次发现了一类新的转录物lncRNA。功能蛋DNA白质转录与遗传信息mRNA翻译Basepair苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnlncRNA定义A.是一类转录本长度超过200nt(核苷酸单位)的功能性RNA分子;B.位于细胞核或胞质内;C.它们缺乏编码蛋白的能力;D.以RNA形式在多种层面上(如表观遗传学、转录调控及转录后调控等方面)调控基因的表达水平。Basepair2015/8/14苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝
3、斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cnLncRNA来源A染色质重组的结果B局部的串联复制子邻近产生C非编码基因复制过程中的反移位产物D编码蛋白质的基因结构发生中断产生E基因组中插入一个转座成分而产生有功能的非编码RNABasepair苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnlncRNA参照与临近基因的位置关系分类nsmb.2591-F1Basepair苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cnl
4、ncRNAs生物学功能Basepair苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cn1.参与X染色体沉默、基因组印记、染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要调控过程。2.以多种模式保护蛋白编码基因:如受到严格的功能限制以保护编码基因的开放式可读框(ORF);或表现为基因序列的较短延伸,以保护功能域和结构。3.LncRNA含有高效的关键序列,类似于启动子等调控因素,具有比蛋白质更敏感的结构功能限制。4.一些进化后的人类基因保守区域可被转录成lnc
5、RNA,如HAR1[8],在大脑皮质发育阶段早期神经元内表达。5.研究显示,哺乳动物基因组序列中1%产生的转录本是可编码蛋白,而有4%—9%产生的转录本是lncRNA,其中许多lncRNA仅在特定的发育阶段出现[9],或具有组织或细胞特异性,还有很多lncRNA具有保守的二级结构、剪切形式以及精确的亚细胞定位。6.LncRNA既有顺式调控作用，又有反式调控作用。Basepair2015/8/14苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cnlncRNA的作
6、用方式1、在编码蛋白基因的上游启动子区转录,从而干扰邻近蛋白编码基因的表达(如酵母中的SER3基因);2、抑制RNA聚合酶,或介导染色质重构和组蛋白修饰,而影响基因表达;3、与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,进而干扰mRNA的剪切,产生不同的剪切形式;4、与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,在Dicer酶作用下产生内源性的siRNA(小干扰RNA),调控基因的表达水平;5、结合在特定蛋白质上调节相应蛋白的活性;6、作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体;7、结合在特定蛋白上从而改变该蛋白的胞质定位;8、可作为小分子R
7、NA(如miRNA、piRNA、mascRNA)的前体分子.Basepair2015/8/14苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cnLncRNA对基因表达的调控目前发现的参与哺乳动物基因活动的lncRNA已有上千个,其调控基因表达的机制存在共性。一般来说,lncRNA主要从以下3个层面实现对基因表达的调控。表观遗传学转录调控调控基因表达转录后调控其他Basepair2015/8/14苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.bas
8、epair.cnwww.basepair.cnLncRNA与临床疾病的关系大量研究表明，lncRNA从转录和转录后水平参与蛋白质编码基因调控，这些基因包括发育相关基因及疾病发生相关基因。通过参与调控蛋白质编码基因，lncRNA既能影响细胞内信号转导途径，也能影响生物体发育过程中的信号转导通路。基于上述研究结果，lnc
