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《2015高通量测序专题培训：R语言 .pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、R语言李虹2015-08-25内容•R简介及扩展包•R基本数据类型及统计检验方法•R图形展示•R解决生物学统计问题实例•创建R包http://www.r-project.org/R是什么？•R是一种免费的用于统计计算和作图的语言。•可用于多种操作系统：UNIX，Windows和MacOS。•同类软件：Matlab,SAS,SPSS。•R的优势：免费、开源、强大的软件包、图形参数灵活、便捷的帮助文档…..http://www.r-project.org/R下载及安装R-3.1.0-win.exe双击安装http
2、://cran.rstudio.com/web/packages/index.htmlCRAN•存储各种R的包。•目前共有5694个包。•针对33个常见主题，将相关的包分门别类地整理在一起（http://cran.rstudio.com/web/views/）。安装软件包•图形界面，直接选择需要安装的包安装软件包•先下载包的源文件，然后再安装•或用命令行方式：>install.packages("scatterplot3d_0.3-35.zip",repos=NULL)查看包的内容•加载包>library("
3、scatterplot3d")•查看包的描述及所有函数>library(help=“base")•查看函数的功能>?sum•包的帮助文档http://www.bioconductor.org/•收录生物学相关的R包•安装Bioconductorsource("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite()•安装Bioconductor中的包source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(“affy”)推荐用
4、biocLite，会自动安装其它需要的包•文档http://manuals.bioinformatics.ucr.edu/home/R_BioCondManualhttp://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___SoftwareBioconductor中的包安装R及本课程所需要的包（15分钟）•R-3.1.0-win.exe•CRAN中的包：scatterplot3d_0.3-35.zip•Bioconductor中的包：GEOque
5、rysource("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("GEOquery")biocLite("affyPLM")内容•R简介及扩展包•R基本数据类型及统计检验方法•R图形展示•R解决生物学统计问题实例•创建R包数据类型•数值（numeric）>x=4>x*2>log(x)[1]8[1]1.386294>class(x)[1]"numeric“>x/2>log2(x)[1]2[1]2>x+2[1]6>x%%3>exp(x)[1]1[1]54.59815>
6、x-2[1]2>x^2[1]16数据类型•字符（character）>x="basepair">sub("p","P",x)[1]"basePair“>class(x)[1]"character“>strsplit(x,split="e")[[1]]>nchar(x)[1]"bas""pair"[1]8>paste(x,"123",sep=":")>grep("p",x)[1]"basepair:123"[1]1>grep("P",x)integer(0)数据类型•逻辑值（logical）>x=T>class
7、(x)[1]"logical">x=FALSE>class(x)[1]"logical“>!(x)[1]TRUE数据类型•向量（vector）>max(x)>x=c(9,1:5,8)[1]9>x>min(x)[1]9123458[1]1>class(x)>range(x)[1]"numeric“[1]19>x+2>sort(x)[1]113456710[1]1234589>length(x)>rank(x)[1]7[1]7123456数据类型•矩阵（matrix）>x+2>x=matrix(1:6,nrow=
8、2)[,1][,2][,3][1,]357>x[2,]468[,1][,2][,3][1,]135>rownames(x)=c("A","B")[2,]246>colnames(x)=1:3>class(x)[1]"matrix“>x123>dim(x)A135[1]23B246数据类型•列表（list）>x=list()>x[[1]]=1:10>x[[2]]="A“>x[[1]][1]123456
