丙型肝炎病毒感染分子溯源技术研究进展-论文.pdf

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1、2014年2月第21卷第1期InternationalJournalofVirolo~．Feb．2014．Vo1．21．N0．1丙型肝炎病毒感染分子溯源技术研究进展赵琦时丽丽邱茂锋【关键词】丙型肝炎病毒；分子流行病学；准种；聚合酶链反应丙型肝炎病毒(hepatitisCvirus，HCV)感染主能过长，因为HCV在感染者体内不断变异，时间越要经血液和母婴垂直传播，还可能经性传播。依长，与源病毒之间的差异越大，如果超过一定时限，据美国疾病预防控制中心的有关指南，对HCV职就难以鉴别不同感染者之间毒株的流行病学关联。业暴露感染的鉴定依赖

2、于文件记录和定期的随访Lin等对18对供输血途径感染HCV的受检者毒检测结果¨。对于没有完整记录和随访检测结果株的研究结果显示：在输血后平均7．9周内，供血的职业暴露感染、医源性感染等，比如近年来多次者与受血者之间HCV高可变区基因序列差异不大在我国发现的聚集性丙肝疫情，单纯依靠传统流行(r=0．690)；超过11～15年时，运用系统进化分析病学调查难以确认真正的传染源和传播途径，这就不能确定供血者与受血者之间的亲缘关系。需要利用更精细的分子溯源技术获得更直接的证2HCV基因型及准种分析方法据。本文对HCV分子溯源技术的原理、方法和

3、应用2．1HCV基因分型作一综述。HCV分型方法有血清学分型、基因分型等。前1HCV分子溯源技术的原理者相对简便快捷、技术水平要求低，但准确率仅为HCV具有高度变异性J，在宿主体内存在着多62．1％，对HCV多亚型混合感染等复杂情况辨别能个在遗传上相关联但又有差异的准种(quasispe—力不强J。目前HCV基因分型方法应用较多。cies)。在传播过程中，HCV是以多个准种“混合感HCV基因组为单股正链RNA，长约9．6kb，基染”的形式输入新个体的J。HCV感染者与其传染因组各区域变异程度不同。综合文献报道【11-16]，源体内毒

4、株间的亲缘关系近，而无直接传播关系的5NCR区、NS5B区和core／E1区为最常用分型序感染者之间毒株的亲缘关系较远。HCV分子溯源列。例如，临床上常用的反向线性探针杂交法(Li．技术的基本原理是：针对疑似有传播关系的HCVPA)、限制性片段长度多态性(RFLP)．PCR法均采感染者，利用分子生物学技术，获得每个感染者体内用5NCR区。我国《丙型肝炎病毒实验室检测技术多个准种的高可变区基因序列，进行系统进化分析。规范(试行)》认为5NCR区序列过于保守，在同一若某两个或多个感染者之间毒株的亲缘关系较近，基因型、不同亚型间差异度仅为

5、1．0％-3．3％。因则提示这些感染者之间存在传播关系。此基于5NCR区的基因分型方法对不同亚型的分国外文献报道，HCV分子溯源研究的步骤型准确率有较大差异，而差异度为16．5％-20．1％大体如下：①根据流行病学调查结果确定病例、对的NS5B区更适合HCV基因分型17]。Simmonds照样本；②鉴定样本中HCV毒株的基因型，基因型等¨提出的“HCV基因型命名规则共识”认为单独不同者即可排除传播关系，基因型相同者进一步做采用NS5B区难以检测重组亚型。建议联合应用准种分析；③扩增高可变区基因序列并测序；④利用core／E1区和NS

6、5B区确定HCV基因型及亚型，特统计学分析方法，包括计算基因距离、构建系统进化别是新的重组亚型，其中core／E1区需要覆盖树等，确定不同个体之间毒株的亲缘关系；⑤结合流nt869—1292区域(参考株为AF009606)90％以上的行病学调查，推断传播关系。核酸序列，NS5B区需要覆盖nt8276—8615区域上述技术应用的前提是采样时间距感染时间不90％以上的核酸序列。2．2HCV准种分析DOI：10．3706／ema．j．issn．16734092．2014．01．011对于基因型相同的HCV毒株，做分子溯源检测基金项目：中美

7、艾滋病防治合作项目(2013—2014)时需进一步在准种水平上进行区分。目前分析病毒作者单位：102206北京中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心准种的技术可分为两类：一类基于核酸序列分通讯作者：邱茂锋，Email：qiumaofeng@hotmail．com析，如PCR．测序技术；另一类基于核酸理化性质，如国际病毒学杂志2014年2月第21卷第1期Intern~ionalJournalofVirology，Feb．2014，Vo1．21，No．1单链构象多态性分析(SSCP)等。由于使用PCR一测进化树。经过基因距离分析，往

8、往还需构建系统进序技术可详细的了解样本中准种的分布情况，并进化树，从而图形化各个样本问的亲缘关系。系统进一步计算基因距离和系统进化树分析，因而应用较化树的构建方法大体上分为两大类：一类是基于距多。根据文献报道，用于HCV准种分析的PC