广州地区丙型肝炎患者HCV基因分型研究-论文.pdf

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1、热带医学杂志2014年5月第14卷第5期JTropMed，May2014，Vo1．14，No．5-589··硕博专栏论著·广州地区丙型肝炎患者HCV基因分型研究肖桂娥，魏绍静，张复春，陈伟烈，兰芸，饶嫒，钟剑波(1．广州医科大学附属广州市第八人民医院，广东广州510060；2．广州市第八人民医院传染病研究所，广东广州510060)摘要：目的研究广州地区丙型肝炎患者HCV基因型分布的变化情况。方法收集207例HCVRAN阳性丙型肝炎患者血清，对其HCVCore区(C区)和NS5B区基因序列进行RT．nPCR扩增

2、，两区扩增成功的PCR产物进行基因测序，测序结果分别与相应的参照株序列比对，构建系统进化树，两区基因分型结果一致者确定HCV基因亚型。结果185例HCVC区和NS5B区都扩增成功，其中179例两区基因分型结果一致。共检出1、2、3、6型4种基因型和8种基因亚型．其中1b型占40．78％(73／179)，6a型占27．37％(49／179)，3b型占11．73％(21／179)，3a型占8．94％(16／179)，2a型占6．15％(11／179)，la型占3．91％(7／179)，2b型占0．56％(1／17

3、9)，6n型占0．56％(1／179)。lb株可分为A、B、C三大簇，A簇与中国广泛流行1b株接近、B簇与中国中部及南部地区流行lb株接近，6a株分为I、Ⅱ两大簇，与献血人群及静脉吸毒人群中6a型株接近。结论广州地区丙型肝炎患者HCV基因型以1b、6a、3型为主，存在多种亚型；1b型株包含中国大部分地区的1b型株。6a、3型已取代2a型分别成为第二、三主要流行基因型；未发现6型变异株。关键词：丙型肝炎病毒；基因型；C区；NS5B区；进化树中图分类号：R512．63文献标识码：A文章编号：1672—3619(2

4、014)05—0589—06GenotypesofhepatitisCvirusinhepatitisCpatientsinGuangzhouareaXIAOGui—e，WEIShao-jing，ZHANGFu—chun，CHENWei—lie，LANYun，RAOMan，ZHONGJian-bo(J．The8thAffiliatedHospitalofGuangzhouMedicalUniversity，Guangdong，Guangzhou510060；2．InstituteofInfectiousDis

5、easesofthe8thHospitalofGuangzhou，Guangdong，Guangzhou510060，China)Abstract：ObjectiveTostudythechangesofHCVgenotypesdistributionamonghepatitisCpatientsinGuangzhouarea．MethodsSerumsampleswerecollectedfrom207hepatitisCpatientswithHCVRNApositive．Reversetranscrip

6、tionnestedPCR(RT-nPCR)wasperformedtoamplifygenesofHCVCandNS5Bregions．DNAproductssuccessfullyamplifiedinbothCandNS5Bregionswerethensequenced．ThesequencesofC／NS5Bregionswerealignedandcomparedwiththatofrelatedreferences．Phylogenetictreeswereconstructedtodeterm

7、ineHCVgenotypeswhenbothgenotypingresuhsfromCandNS5Bregionswereconsistent．ResultsOf207samples，185weredouble—positiveingeneamplificationoftheCandNS5Bregions．BothgenotypingresultsfromCandNS5Bregionswereconsistentin179samples．Fourgenotypesandeightsubtypeswereid

8、entified：lbaccountingfor40．78％(73／179)，6afor27．37％(49／179)，3bfor11．73％(21／179)，3afor8．94％(16／179)，2afor6．15％(11／179)，lafor3．91％(7／179)，2bfor0．56％(1／179)，6nforO．56％(1／179)．1bisolatesformedthreeclusters，