eQTL结合ASE分析显示帕金森病相关基因Lrrk2表达受顺式作用调控-论文.pdf

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1、ISSNl007．7626中国生物化学与分子生物学报http：／／cjbmb．bjmu．edu．an2012年12月CN11-3870／QChineseJournalofBiochemistryandMolecularBiology28(12)：1161—1166·技术与方法·eQTL结合ASE分析显示帕金森病相关基因Lrrk2表达受顺式作用调控黄嘉睿¨，殷冬梅，沈勤’(无锡市第二人民医院检验科，江苏无锡214000；南通大学医学院生物化学与分子生物学教研室，江苏南通226001)摘要富亮氨酸重复激酶2(Lrrk2)基因与家族性及散发性帕金森病(ParkinsonSdisease，PD)密切相

2、关，但其作用机制仍不十分清楚．本文以单核苷酸多态性(singlenueleotidepolymorphism，SNP)为切入点，对其调控机制进行研究．以近交系C57BL／6J(B6)和DBA／2J(D2)小鼠杂交1代小鼠为实验动物，借助基因表达数量性状基因座(expressionquantitativetraitloci，eQTL)分析技术，结合等位基因特异性表达(allelespecificexpressiondifference，ASE)技术，验证帕金森病相关基因Lrrk2的顺式调控机制．eQTL分析显示，Lrrk2基因所在的位置有1个具有显著统计学意义(LRS值≥20)的顺式调节基因座．

3、针对Lrrk2基因外显子区域错意突变SNP的ASE分析得出：rs50098646位点在cDNA水平上G：A两碱基比值偏离1：1，与gDNA水平中G：A两碱基比值差异显著(P<0．01)，表达受顺式作用调节．本研究结果表明，Lrrk2基因的表达受到顺式作用的调控．关键词帕金森病；富亮氨酸重复激酶2(Lrrk2)基因；单核苷酸多态性；基因表达数量性状定位；等位基因特异性表达中图分类号Q75eQTLandASEAnalysesIndicatec／s-regulationinParkinson’SDisease．relatedLrrk2ExpressionHUANGJia．Rui¨，YINDong．M

4、ei，SHENQin(”DepartmentofClinicalLaboratory，SecondPeople'sHospitalofWuxi，Wuxi214000，Jiangsu，China；DepartmentofBiochemistryandMolecularBiology，NantongUniversityMedicalCollege，Nantong226001，Jiangsu，China)AbstractTheleucine．richrepeatkinase2(Lrrk2)geneiscloselyrelatedwithParkinson’Sdisease(PD)。andtheabn

5、ormalexpressionofLrrk2geneiStheimportantcausewhichcausesfamilialandsporadicPD．TheexpressionmechanismofLrrk2remainsunknown．Inthisstudy。weusednearinbredstrainsC57BL／6J(B6)andDBA／2J(D2)F1miceasexpressionanimal，andusedsinglenucleotidepolymorphism(SNP)asentrypointtoexploretheregulatorymechanismofthegenee

6、xpression．Thecis—regulationmechanismofLrrk2geneexpressionwasdeterminedbyexpressionquantitativetraitloci(eQTL)tobuildinitiallytheregulatorypathwayofgeneexpressionbygeneticgenomicsmethod．TheauthenticityofdifferenceinLrrk2geneexpressionwasvalidatedbytheallelespecificexpressiondifference(ASE)technology．

7、Theresultsshowedthattherewasastatisticallysignificant(LRS≥2O)cis-regulatingloci(cis—QTL)inchromosome15locationofLrrk2geneontheeQTLmappingofLrrk2．TheASEresultsrevealedthattheratioofG：AexpressionontheSN