欧洲黑杨PnEXPA1基因多态性与稳定碳同位素比率的关联分析-论文.pdf

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1、林业科学研究2014，27(3)：349～355ForestResearch文章编号：1001—1498(2014)03-0349-07欧洲黑杨PnEXPA1基因多态性与稳定碳同位素比率的关联分析张伟溪，褚延广，黄秦军，张冰玉，丁昌俊，苏晓华(林木遗传育种国家重点实验室，中国林业科学研究院林业研究所，国家林业局林木培育重点实验室，北京100091)摘要：对欧洲黑杨ot—expansin基因PnEXPA1的SNP多态性与水分利用效率相关性状稳定碳同位素比率(8”C)进行了关联分析。利用SNaPshot技术对

2、PnEXPA1基因内11个SNP位点进行了基因型分型，发现各SNP位点优势基因型均为纯合，且其频率高于杂合基因型。关联分析显示：SNP8和SNP12在采用单因素方差分析(ANOVA)和一般线性模型(GLM)2种方法时均与8”C值显著关联。SNP8为exon1内的无义突变，可解释6．620％的表型变异；而SNP12位于intron1中，遗传贡献率为6．613％；这2个SNP位点与SNP9、SNP13共同位于一个高连锁不平衡(LD)的单倍型块中。SNP8与SNP12的rI’I’基因型无性系均具有较高的8”C值

3、，为优势基因型。关键词：欧洲黑杨；伸展蛋白基因；单核苷酸多态性；稳定碳同位素比率；关联分析中图分类号：s792．119文献标识码：AAssociationAnalysisofPolymorphismsinPnEXPA1GenewithCarbonIsotopeRatiosinBlackPoplar(PopulusnigraL．)ZHANGWei—xi，CHUYah—guang，HUANGQin-jun，ZHANGBing—yu，DINGChang~un，SUXiao—hua(StateKeyLaborat

4、oryofTreeGeneticsandBreeding，ResearchInstituteofForestry，ChineseAcademyofForestry，KeyLaboratoryofTreeBreedingandCultivation，StateForestryAdministration，Beijing100091，China)Abstract：TheauthorsreportanassociationstudyofSNPpolymorphismsinaoL—expansingenePnEx

5、PAlwithstablecarbonisotoperatios(8¨c)inPopulusnigra．Intotal，11SNPlociweregenotypedwithSNaPshottechnologywhichindicatesthathomozygousgenotypeismorecommonlyocu~edforeachindividulwithhigherallelefrequency．AssociationanalysisunderANOVAandGLMmethodsrevealedtha

6、tSNP8andSNP12wereassociatedwith8Cval—ues．SNP8wasasynonymousmutationlocatedinexon1andcouldexplain6．620％ofgeneticvariationoftrait，whileSNP12positionedinintronlandcontributedto6．613％ofgeneticvariationoftrait．ThesetwoSNPs，togetherwithSNP9andSNP13．werelocatedi

7、nahaplotypeblockwithhigherLDlevels．Cloneswith1TrhomozygousatSNP8andSNP12werefoundtohavehighervaluesof8”C．TheseresultsprovideinsightsintothemolecularbasisoftheeffectsofPnEXPA1ongeneticvariationofwateruseeficiency(WUE)，aswellasgenicmarkerassistedbreed—ingin

8、poplar．Keywords：Populusnigra；expansin；singlenucleotidepolymorphism；stablecarbonisotoperatio；associationanalysis干旱是影响植物生长发育的重要非生物胁迫因率(WUE)是反映植物抗旱能力的重要指标]，因子，每年使农林业生产遭受巨大损失。水分利用效此，深入了解与植物抗旱相关的WUE的分子机制、收稿日期：2013—11-14基