蒙古沙冬青保守microRNAs的鉴定及靶基因预测-论文.pdf

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1、选Hereditas(Beijing)2014年5月，36(5)：485-494WWW．chinagene．ca研究报告蒙古沙冬青保守microRNAs的鉴定及靶基因预测高飞，孙鹏，陈静，李章磊，张孜宸，李华云，王宁，周宜君中央民族大学生命与环境科学学院，北京100081摘要：蒙古沙冬青mmopiptanthusmongolicus)是生长在荒漠中的木本植物，对于我国西北部干旱、半干旱区域的植被维护与恢复具有重要价值。蒙古沙冬青对干旱、低温等多种逆境具有较高的耐受性，是研究林木耐受逆境生理与分子机制的合适材料。Micr

2、oRNA(miRNA)是一类长度约为21个核苷酸的内源性非编码小分子RNA，在植物生长发育和逆境应答等生物学过程中发挥着重要的调控作用。目前，许多植物物种的miRNAs已经获得鉴定，但未见蒙古沙冬青miRNAs的相关报道。文章应用高通量测序和生物信息学分析方法对蒙古沙冬青幼苗保守miRNAs的类型、表达丰度以及靶基因进行了分析和预测。共鉴定了10个家族的19种保守miRNAs，其表达丰度介于55～1920269个拷贝之间。通过在线软件psRNATarget预测了其中14个保守miRNAs的靶基因对于这些靶基因的功能分析

3、表明，蒙古沙冬青的保守miRNA主要通过转录调控、激素信号途径、物质代谢和胁迫应答等生物学过程参与植物生长发育和环境响应。关键词：蒙古沙冬青；microRNAs；高通量测序；靶基因预测IdentificationandtargetpredictionofconservedmicroRNAsinAmmopiptanthusmongolicusFeiGao，PengSun，JingChen，ZhangleiLi，ZichenZhang，HuayunLi，NingWang，YijunZhouCollegeofLlyeandE

4、nvironmentalSciences，MinzuUniversityofChina，Beijing100081，ChinaAbstract：Ammopiptanthusmongolicus，awoodyplantgrowinginthedesert，playsavitalroleinvegetationmaintainingandrestorationinthearidregioninnorthwestChina．Theplantexhibitsanextremelyhightolerancetoabioticst

5、resssuchasdroughtandfreezingstresses，andithasbeenusedasanidealmodelforabioticstresstoleranceresearchintrees．MicroRNA(miRNA)isaclassofapproximately21ntendogenousnon—protein—codingsmallRNA，whichplaysanim—portantroleinplantgrowth，developmentandresponsestoenvironmen

6、talstresses．Bynow，alargenumberofmiRNAshavebeenreportedinmanyplantspecies，butnostudiesdescribingA．mongolicusmiRNAwerepublished．Inthepresentstudy,thetypes，expressionlevels，andputativetargetgenesofconservedmiRNAsinseedlingsofA．mongolicuswerearia一收稿日期：2013-10-23；修回日

7、期：2014一O1—07基金项目：国家自然科学基金项目(编号：31070361，31370356)，教育部科学技术研究重点项目(编号：210266)和国家985工程项目和高等学校学科创新引智计划项目(编号：B08044)资助作者简介：高飞，博士，副教授，研究方向：植物逆境分子生物学。Tel：010-68932633；E—mail：gaofei@muc．edu．cn通讯作者：周宜君，博士，教授，研究方向：植物逆境分子生物学。E．mail：queenzhou@263．netDOI：10．3724／SP．J．1005．20l

8、4．0485网络出版时间：2014．3．711：37：32URL：http：／／www．cnki．net／kcms／detail／11．1913．R．20140307．1l37．001．html486蘧Hereditas(Beijing)2014第36卷lyzedusingsmallRNAdeepsequencingtechnol