大豆基因组GmSRK及其同源基因的生物信息学分析-论文.pdf

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1、第33卷第4期大豆科学Vo1．33No．42014年8月SOYBEANSCIENCEAug．2014大豆基因组GmSRK及其同源基因的生物信息学分析钱雪，孙晓丽，端木慧子，成舒飞，才华，纪巍，赵超越，朱延明(东北农业大学农业生物功能基因重点实验室，黑龙江哈尔滨150030)摘要：以野生大豆GsSRK氨基酸序列为检索序列，在Phytozome数据库中查找大豆基因组中其同源基因GmSRK。利用Phytozome数据库以及MEGA5．0，ClustalX等软件挖掘大豆基因组GmSRK同源基因，最终确定同源性较高的2个基因Gl

2、yma12g21640和Glyma08g06550。对GmSRK、Glyma12g21640和Glyma08g06550这3个基因进行基因结构，染色体定位，蛋自理化性质、一级、二级结构分析，结果表明三者均含有6个内含子，7个外显子；定位于3条不同染色体上；都具有B—lectin，S_locus—glycop，PAN—AP以及S_TKc四个结构域，属于G—type外源凝集素类受体蛋白激酶。进化树分析发现GmSRK与Glyma12921640亲缘关系最近且与四季豆、苜蓿中同源蛋白聚为一支，GlymaOSg06550与拟南芥

3、RLKs亲缘关系较近。关键词：大豆；GmSRK；类受体蛋白激酶；生物信息学中图分类号：$565．1文献标识码：ADOI：10．11861／j．issn．1000-9841．2014．04．0497BioinformaticsAnalysisofGmSRKHomologousGenesinSoybeanGenomeQIANXue，SUNXiao—li，DUANMUHui—zi，CHENGShu—fei，CAIHua，jIWei，ZHAOChao—yue，ZHUYan—ming(KeyLaboratoryot’Agricu

4、lturalBiologicalFunctionalGenes，NortheastAculturalUniversity，Harbin150030，China)AbstractWeidentifiedtheGlycinemaxGmsRKgenebyusingBIASTPwiththeaminoacidsequenceofGlycinesojaGsSRKgene．ByusingthephytozomedatabaseandsomesoftwaressuchaSMEGA5．0andClustalX．weconfirmedt

5、heGm5RKhomolo．gousgenes，Glyma12g21640andGlyma08g06550．Bioinformaticsanalysisindicatedthatthethreegeneswerelocatedindift~r—entchromosome，allofthemhad6intronsand7exons，andbelongedtotheG—typelectinreceptor—likekinasefamily，whichwascharacterizedbyfourconserveddomain

6、s：B—lectin，Slocusglycop，PANAPandSTKc．Analysisofphylogeneticrelationship_———showedthatGmSRKandGlymal2g21640badtheclosestrelationship，andgroupedintothesameclusterwithhomologouspro-teinsofPhaseolusvulgaris，Medicagotruncatula．Glyma08g06550hadcloserelationshipwithAra

7、bidopsisthalianaRLKs．Keywords：Soybean；SRK；Receptor—likekinases；Bioinfommtics大豆(Glycinemax)是一种重要的粮食作物和经同的亚家族，其中植物凝集素类受体蛋白激酶(1ect—济作物。随着生物信息学的不断发展以及大豆基inreceptor．1ikekinases，LecRLKs)是植物RLKs中的因组测序⋯的完成和序列释放，人们可以在基因组一大类亚家族，在植物生理反应过程中起重要作水平上对大豆中编码重要功能的基因进行挖掘、比用，如At3g5

8、3810编码的SGCLeeRLK蛋白与植株较和功能推断，为功能基因组学以及大豆品种改良花粉正常发育有关；pid一2基因水稻超表达植株获奠定坚实的理论基础。得了稻瘟病抗性；PsLecRLK基因是一种盐胁迫抗植物长期暴露于外界自然环境中，经常会受到性基因；MtLecRKI；1，MtLecRK7；1，MtLecRK7；2，各种生物和非生