通过多基因组比较的方法在5种绿球蓝细菌中识别基因组岛

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1、浙江大学学报(农业与生命科学版)36(5)：473～484，2010JournalofZhejiangUniversity(Agric．&LifeSei．)ArticleID：10089209(2O10)05—047312DOI：10．3785／j．issn．1008—9209．2010．05．001IdentificationofgenomicislandsinthegenomesoffiveProchlorococcusstrainsbymultiplegenomiccomparisonInstituteofBioinformaticsCollegeof

2、Agriculture&Biotecknology．ZhejiangUniversity，Hangzhou310029，China；2InstituteofMaizeResearch，CollegeofAgriculture，SichuanAgriculturalUniversity，Yaan，Sichuan625014，China)Abstract：InordertoexploretheroleofhorizontalgenetransferinthedivergenceofgenomeswithinthegenusProchlorococcus，theg

3、enomesoffivehighlight—adaptedstrainsofProchlorococcuswerecompared．Firstly，bothbidirectionalbestBIASTPsearchandtheconservationofgeneorderagainsteachotherwereemployedtopredictorthologs：thenthealiengenesinonePr0Zor0c0ff“sstrainwereidentifiedbyexamininghowmanyorthologsitseachgenehadint

4、hegenomesofthefourotherstrains．Asforagenomicisland，itreferstoaregioncomposedOfoneormorecontiguousaliengenes．Theresultsshowedthatthenumberofgenomicislandsinthefivegenomesrangedfrom16to52．Manyofthegenesintheseislandsshowedsimilaritytogenesfoundinviralgenomesorsequencesderivedfromviru

5、senrichedenvironmentalsamples．Theseresultssuggestthatvirusesmayhavemediatedhorizontalgenetransfer，resultingingenomicdivergenceamongstProchlorococcusgenomes．Keywords：Prochlorococcus；genomicisland；horizontalgenetransfer；aliengeneCLCnumber：Q34Documentcode：A刘海岚。，朱军(1浙江大学农业与生物技术学院生物信息研究

6、所，浙江杭州310029；2四川农业大学农学院玉米研究所，四川雅安625014)通过多基因组比较的方法在5种绿球蓝细菌中识别基因组岛(英文)．浙江大学学报(农业与生命科学版)，2010，36(5)：473—484摘要：为探索水平基因转移在绿球蓝细菌基因组多样性中的作用，5个高光适应性绿球蓝细菌基因组被比较．先用BIASTP两两最佳匹配搜索和基因位置保守性的方法预测直系同源基因，并进一步计算每个基因组中所有基因在其他4种绿球蓝细菌基因组中直系同源基因的数量，从而达到识别外源基因的目的；而基因组岛是指由1个或几个连续外源基因组成的区域．结果表明：在5个绿球蓝细菌

7、基因组中共识别出了16至52个不等的基因组岛，它们中的许多基因在病毒基因组或富含病毒的环境样本中都有同源基因．以上这些结果显示，在绿球蓝细菌中，病毒可能介导了基因的水平转移，从而导致了基因组的多样性．关键词：绿球蓝细菌；基因组岛；水平基因转移；外源基因Receiveddate：20091201Foundationitem：ProjectsupportedbytheNationalHighTechnologyResearchandDevelopmentProgramofChina(No2006AA10A102)，andUSNationalScienceFoun

8、dation(NoDB10516378)．Biogr