不同物种Atrn基因编码区生物信息学分析.pdf

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1、浙江农业学报ActaAgriculturaeZhefiangensis，2015，27(6)：933—938http：／／www．zjnyxb．cn方倩倩，李祥龙，周荣艳，等．不同物种Atrn基因编码区生物信息学分析[J]．浙江农业学报，2015，27(6)：933—938．DOI：10．3969／j．issn．1004—1524．2015．06．06不同物种Atrn基因编码区生物信息学分析方倩倩，李祥龙’，周荣艳，李兰会(河北农业大学动物科技学院，河北保定071001；河北科技师范学院动物科技学院，河北秦皇

2、岛066004)摘要：采用生物信息学的方法分析了人、牛、野牦牛、小须鲸、水牛、狼、狨、狨鼠、白犀牛、星鼻鼹鼠、犰狳、小马岛猬、埃氏象鼢、猫、裸隐鼠、食蟹猴、猕猴、雪貂、小家鼠、长臂猿、中央狐蝠、褐家鼠、野猪、松鼠等24个物种Atrn基因编码区(CDS)，并对该基因核苷酸多样性：及氨基酸序列进行了分析和预测。结果表明，Atrn基因序列编码区的种内、种间存在丰富的遗传多样性，来自24个物种的61条基因序列中共检测到多态位点899个，生成31种单倍型。Atrn蛋白N端存在信号肽和跨膜区，属于定位于生物膜上的膜蛋白或

3、分泌蛋白。Atrn蛋白为不稳定的亲水性蛋白，理论等电点为7．17，Atrn蛋白呈弱碱性，蛋白质二级结构主要结构元件是无规则卷曲和一螺旋。关键词：物种；Atrn基因；生物信息学分析中图分类号：Q786文献标志码：A文章编号：1004—1524(2015)06-0933-06BioinformaticsanalysisofcodingregionsofAtrngeneamongdiferentspeciesFANGQian—qian，LIXiang—long’，ZHOURong—yan。，LILan—hui(’C

4、ollegeofAnimalscienceandTechnology，AgriculturalUniversityofHebei，Baoding071001，China；CollegeofAnimalScienceandTechnology，HebeiNormalUniversityofScienceandTechnology，Qinghuangdao066004，China)Abstract：Thecodingsequence(CDS)，nucleotidediversityandaminoacidsequ

5、enceofAtrngenefromHomosapi—em，BosTaurus，Bosmutus，Balaenopteraacutorostrata，Bubalusbubalis，Canislupus，Callithrixjacchus，Chinchil—lalanigera，Ceratotheriumsimum，Condyluracristata，Dasypusnovemcinctus，Echinopstelfairi，Elephantulusedwar—dii，Fellscaius，Heterocepha

6、lusglaber，Macacafascicularis，Macaeamulatta，Mustelaputoriusfuro，Musmuscal~，Nomascusleucogenys，Pteropusalecto，Rattusnorvegicus，SusscrofaandSpermophilustridecemlineatuswereanalyzedusingthemethodofbioinformatics．TheresultsshowedthattheAtrngeneCDShadabundantgene

7、ticdiversitybe-tweenintraspecificandinterspeeificspecies，andatotalof899polymorphicsitesweredetectedfrom61sequencesof24specieswhichgenerated31haplotypes．TheresultsalsoshowedthatAtrnhastrans—membranedomainandsignalpeptideinN—terminalandbelongedtomembraneprote

8、inorsecretionproteinwhichwerelocatedonthebiofilm．Theproteinwashydrophilic，instableandalkalescent，withanisoelectricpointof7．17．ThemainstructuralelementofpredictedsecondawstructureofAtrnwererandomcoiland