不同物种mchr1基因编码区生物信息学分析

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1、河南农业科学，２０１４，４３（５）：１７２－１７５ＪｏｕｒｎａｌｏｆＨｅｎａｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ不同物种Ｍｃｈｒ１基因编码区生物信息学分析马梦云，李祥龙＊，周荣艳，李兰会（河北农业大学动物科技学院，河北保定０７１００１）摘要：采用比较基因组学和生物信息学的方法分析了人、黑猩猩、玻利维亚灰鼠猴、猕猴、蒙眼貂、裸鼢鼠、佛罗里达海牛、小家鼠、小马岛猬共９个物种的黑色素浓集激素受体１（Ｍｃｈｒ１）基因编码区（ＣＤＳ）的遗传多样性，并对其氨基酸序列、蛋白结构等进行预测。结果表明，来自９个物种

2、的４４个Ｍｃｈｒ１基因序列中共检测到多态位点２００个，其中单一多态位点８１个，单倍型１４种，Ｍｃｈｒ１基因ＣＤＳ在种内表现较为保守，种间则表现出较丰富的遗传多样性。Ｍｃｈｒ１蛋白为疏水性蛋白，理论等电点均大于７，肽链的不稳定系数介于３６．２６～４４．２１，均较稳定。Ｍｃｈｒ１蛋白位于细胞质中。关键词：Ｍｃｈｒ１基因；编码区；生物信息学；遗传多样性中图分类号：Ｑ７５４文献标志码：Ａ文章编号：１００４－３２６８（２０１４）０５－０１７２－０４ＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＣｏｄｉｎｇＲｅｇ

3、ｉｏｎｓｏｆＭｃｈｒ１ＧｅｎｅａｍｏｎｇＳｐｅｃｉｅｓ＊，ＺＨＯＵＲｏｎｇ－ｙａｎ，ＬＩＬａｎ－ｈｕｉＭＡＭｅｎｇ－ｙｕｎ，ＬＩＸｉａｎｇ－ｌｏｎｇ（ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＡｎｉｍａｌＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＨｅｂｅｉ，Ｂａｏｄｉｎｇ０７１００１，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＴｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆｔｈｅＣＤＳｏｆＭｃｈｒ１ｇｅｎｅｆｒｏｍｎｉｎｅｓｐｅｃｉｅｓ，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇＨｏｍｏｓａｐｉｅｎｓ，Ｐａｎｔｒｏｇｌｏ

4、ｄｙｔｅｓ，Ｓａｉｍｉｒｉｂｏｌｉｖｉｅｎｓｉｓ，Ｍａｃａｃａｍｕｌａｔｔａ，Ｍｕｓｔｅａｐｕｔｏｒｉｕｓ，Ｈｅｔｅｒｏｃｅｐｈａｌｕｓｇｌａｂｅｒ，Ｔｒｉｃｈｅｃｈｕｓｍａｎｎｌｕｓ，ＭｕｓｍｕｓｃｕｌｕｓａｎｄＥｃｈｉｎｏｐｓｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄｕｓｉｎｇｔｈｅｍｅｔｈｏｄｏｆｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅｇｅｎｏｍｉｃｓａｎｄｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．Ｔｈｅｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｏｆｎｕｃｌｅｉｃａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓａｎｄａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓ

5、ｗｅｒｅａｌｓｏａｎａｌｙｚｅｄ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔａｔｏｔａｌｏｆ２００ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃｓｉｔｅｓ，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ８１ｓｉｎｇｌｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃｓｉｔｅｓ，ｗｈｉｃｈｃｏｕｌｄｂｅｓｏｒｔｅｄｉｎｔｏ１４ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓｄｅｔｅｃｔｅｄｆｒｏｍ４４ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆ９ｓｐｅｃｉｅｓ．ＣＤＳｗａｓｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅｗｉｔｈｉｎｓｐｅｃｉｅｓ，ａｎｄｄｉｖｅｒｓｅａｍｏｎｇｓｐｅｃｉｅｓ．ＴｈｅａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＭｃｈｒｌｐｒｅｓ

6、ｅｎｔｅｄｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ，ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌＰＩｗａｓｍｏｒｅｔｈａｎ７ｍｏｓｔｌｙ．Ｔｈｅｎａｔｕｒｅｏｆｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅｗａｓａｌｋａｌｉｎｅａｎｄｔｈｅｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙｉｎｄｅｘｏｆｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅｗａｓｂｅｔｗｅｅｎ３６．２６ａｎｄ４４．２１，ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｉｎｄｉｃａｔｅｄｔｈｅｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅｗａｓｓｔａｂｌｅ．Ｍｃｈｒｌｐｒｏｔｅｉｎｌｏｃａｔｅｄｉｎｔｈｅｃｙｔｏｐｌａｓｍ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｍｃｈｒ１ｇｅｎｅ；ｃｏｄｉｎｇｒｅｇｉｏｎ；ｂｉｏｉｎ

7、ｆｏｒｍａｔｉｃｓ；ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙ黑色素浓集激素（ｍｅｌａｎｉｎｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｎｇｈｏｒ－１２６９ｂｐ，编码３５３个氨基酸。Ａ－黑色素刺激素ｍｏｎｅ，Ｍｃｈ）是一种神经肽，它包含有１９个氨基酸，（Ａ－ＭＳＨ）与黑色皮质素受体１（ＭＣＲ１）结合，合成主要存在于下丘脑部位。它有２种受体（ｍｅｌａｎｉｎ黑色素。Ｍｃｈ是Ａ－ＭＳＨ的拮抗物，Ｍｃｈ与Ｍｃｈｒ１ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｎｇｈｏｒｍｏｎｅｒｅｐｅｃｔｏｒ，Ｍｃｈｒ）Ｍｃｈｒ１和结合后，其产物会抑制黑色素的合成。Ｍｃｈｒ１在调Ｍ

8、ｃｈｒ２，且这２种受体的分布情况以及在大脑中的节黑素细胞中黑素的合成过程中发挥着重要作［４－６］表达作用是基本相似的，不同的是，Ｍｃｈｒ１在周围用。［１］组织也有分布，而Ｍｃｈｒ２在啮齿动物中不表目前，有关不同物种Ｍｃｈｒ１的遗传多样性研究［２］［３］达。研究发现，Ｍｃｈｒ１位于生长抑制素受体的较少。本研究采用生物信息学的方法对不同物种跨膜区中，其编码区没有内含子，ｃＤＮＡ的全长为Ｍｃｈｒ１基因的遗传多样性进行分析，并对不同物种收稿日期：２