不同物种dock7基因编码区生物信息学分析

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1、第34卷第12期家畜生态学报Vo1．34No．122013年12月ActaEcologiaeAnimalisDomasticiDec．2013。‘。。。‘。’6科学研究2．o．<>．<>．o．不⋯I同II物种Dock7基因编码区生物信息学分析刘小辉，李祥龙，周荣艳，李兰会，张天，王建涛。(1．河北农业大学动物科技学院，河北保定071001；2．河北科技师范学院动物科技学院，河北秦皇岛066000；3．唐山市畜牧工作站，河北唐山063004)[摘要]为了研究不同物种Dock7基因的遗传多样性，采用生物信息学的方法分析了人

2、、倭黑猩猩、大猩猩、毛猩猩、东非狒狒、玻利维亚的灰鼠猴子、虎鲸、家马、白犀牛、雪貂、家牛、大熊猫、佛罗里达海牛、海象、欧洲兔、家猫、家绵羊、星鼻鼹鼠、北美鼠兔、裸鼢鼠、非洲跳鼠、八齿鼠、褐家鼠、小家鼠、袋獾、原鸡、爪蟾27个物种Dock7基因编码区(CDS)，并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、信号肽、跨膜结构域、疏水性／亲水性、蛋白质二级结构进行了分析和预测。结果表明，在27个物种68条基因序列中共检测到1855个多态位点，生成28种单倍型，Dock7基因序列编码区种间存在丰富的遗传多样性，而种内变异极小，只在原鸡中

3、发现一个变异位点。在所研究27个物种中，原鸡Dock7基因的氨基酸序列存在信号肽，其他26个物种Dock7基因的氨基酸序列均无信号肽。27个物种都没有跨膜结构域，表现为亲水性，蛋白质二级结构主要结构元件是自由卷曲和a一螺旋，Dock7蛋白呈酸性。[关键词]物种；Dock7基因；生物信息学分析；遗传多样性[中图分类号]$811．6[文献标识码]A[文章编号]1005—5228(2013)12—0012—06Dock7是毛色相关基因，已经被克隆，具有色素gov／的GenBank中下载人、倭黑猩猩、大猩猩、毛猩减退作用且对发

4、育具有重要作用，在小鼠的腹部、爪猩、东非狒狒、玻利维亚的灰鼠猴子、虎鲸、家马、白子、尾部缺少色素而使局部出现白色，但是在体外培犀牛、雪貂、家牛、大熊猫、佛罗里达海牛、海象、欧洲养的黑色素细胞出现色素沉着过度n]。Dock7基因兔、家猫、家绵羊、星鼻鼹鼠、北美鼠兔、裸鼢鼠、非洲在多种组织中表达，作为一种鸟苷酸交换因子，通过跳鼠、八齿鼠、褐家鼠、小家鼠、袋獾、原鸡、爪蟾27个物种68条Dock7基因的CDS序列，68个基因序催化结合GDP与自由GTP之间的交换特异激活列的登录号见表1。Racl和Rac3，鸟嘌呤核苷酸交换因

5、子参与将跨膜受1．2方法体和细胞内GTPase家族成员联系起来的信号通路，将序列下载后，首先利用BioEdit软件对下载从而调控许多细胞作用，如细胞增殖分化黏附凋亡的27个物种的68条Dock7基因CDS序列进行比等_2]，研究证实，Racl在细胞的迁移黏附等方面发挥对分析，选取所有序列共有片段(长度为4551bp)重要作用[3]。由于替换与剪切使得Dock基因存在多进行比较，然后利用DnaSP5．10软件对其进行遗种亚型，本文利用比较基因组学和生物信息学方法研传多态性分析，生成单倍型，得出平均核苷酸差异数究了Dock

6、7基因编码区种间和种内变异，从而探明该(k)、核苷酸歧异度(Dxy)、遗传分化指数(Gst)、净基因在不同种间及种内的遗传分化，进而为相关黑色遗传距离(Da)、密码子偏爱性和同义替换位点数素基因的遗传学和进化分析奠定基础。(SS)、非同义替换位点数(NSS)、G+C含量。利用MEGA4．0软件的UPGMA方法构建聚类图，进行1材料与方法聚类分析。再利用SignalP4．1Server，TMHMM1．1序列来源2．0Server，ProtScale，ProtParam在线工具对从NCBI网站http：／／www．ncbi

7、．nlm．nih．Dock7氨基酸序列进行预测与分析。[收稿日期]2012—07—25，修回日期：2012—08—08[基金项目]国家自然科学基金(31172196)；河北省高等学校创新团队领军人才培育计划(LJRC004)；河北省现代农业产业技术体系蛋鸡产业创新团队资助[作者简介]刘小辉(1988一)，女，河北邯郸人，硕士，研究方向：动物遗传育种。E—mail：liuxiaohuil000@163．tom*[通讯作者]李祥龙(1963一)，男，河北丰南人，博士，教授，博士生导师，研究方向：动物遗传育种。E—mail：

8、lixianglongcn@yahoo．com第12期刘小辉，等：不同物种Dock7基因编码区生物信息学分析13NM一001272001．1，NM001272000．1，NM033407．3，人Homosapiens一一BC172250．1，NM_001271999．1，DQ341187．1倭黑猩猩PanpaniscusXM一00