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1、第17卷第13期中国现代医学杂志Vol.17No.132007年7月ChinaJournalofModernMedicineJul.2007文章编号:1005-8982(2007)13-1572-06·论著·应用基因芯片技术检测耐利福平结核分枝杆菌基因型*11221张俊仙,吴雪琼,邢婉丽,张琼,梁建琴,21311张洪恩,陆阳,张广宇,李洪敏,阳幼荣(1.解放军总医院第309临床部结研室,北京100091;2.生物芯片北京国家工程研究中心,北京100084;3.河北省胸科医院,河北石家庄050041)摘要:目的研制一种新型
2、DNA芯片,用于快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变。方法根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计探针并制作DNA芯片,用TAMRA标记的引物扩增结核分枝杆菌rpoB基因突变热点的片断,与DNA芯片杂交,同时以PCR-SSCP和DNA测序法为对照。结果240株结核分枝杆菌临床分离株中,55株全敏感株和66株耐其他药物的利福平敏感株的PCR-SSCP和DNA芯片杂交结果与结核分枝杆菌标准株完全相同;119株耐RFP临床分离株中DNA芯片杂交有117株检测到rpoB基因突变,其中111株单位点突变,78株为531位密码子
3、TCG→TTG(Ser→Leu)、TCG→TGG(Ser→Trp)和TCG→TAC(Ser→Tyr)突变;24株为526位密码子CAC→TAC(His→Tyr)、CAC→GAC(His→Asp)、CAC→CCC(His→Pro)、CAC→CTC(His→Leu)和CAC→CGC(His→Arg)突变;4株为516位密码子GAC→GTC(Asp→Val)和GAC→GGC(Asp→Gly)突变;3株为533位密码子CTG→CCG(Leu→Pro)突变;1株为511位密码子CTG→CCG(Leu→Pro)突变;1株为513位密
4、码子CAA→AAA(Gln→Lys)突变;6株为双位点突变,其中3株511和516位联合突变,2株533和515位联合突变,1株517位密码子CAG→CAC(Gln→His)和518位密码子AAC→GAC(Asn→Asp)联合突变。DNA测序结果与DNA芯片杂交结果完全一致。1株516位GAC-TAC(Asp→Tyr)突变的分离株及1株516位GAC-TAC(Asp→Tyr)和518位AAC-CAC(Asn→His)联合突变的分离株DNA芯片检测阴性,是因为芯片上无相应的探针。结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结
5、核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变,可用于临床耐药性的检测,指导临床用药。关键词:结核分枝杆菌;利福平;rpoB基因;药物耐受性;DNA芯片中图分类号:R52文献标识码:ARapiddetectionofrpoBmutationsinmycobacterium*tuberculosisbyDNAchip1122ZHANGJun-xian,WUXue-qiong,ZHANGQiong,LIANGJian-qin,11311ZHANGHong-en,LIHong-min,LUHong-li,LUYang,YANGYo
6、u-rong(1.TuberculosisResearchLaboratory,309thClinicalDivisionofChinesePLAGeneralHospital,Beijing100091,P.R.China;2.NationalEngineeringResearchCenterforBeijingBiochipTechnology,Beijing100084,P.R.China;3.HebeiChestHospital,Shijiazhuang,Hebei050041,P.R.China)Abstrac
7、t:【Objective】Todevelopanewmethod,DNAchip,whichcanbeusedforrapiddetectionofrpoBmu-tationsinMycobacteriumtuberculosis.【Method】AccordingtotherpoBgenesequenceofMycobacteriumtuberculo-sis,theoligonucleotideprobesweredesignedandsynthesized,andthenDNAchipswereprepared.T
8、heDNAfrag-收稿日期:2007-01-30*基金项目:973传染病专项科研基金(2005CB523102)[通讯作者]吴雪琼,电话:66775109·1572·第13期张俊仙,等:应用基因芯片技术检测耐利福平结核分枝杆菌基因型mentwhichcontainshotmutationsitesofrpoBgen
