POPGENE、NTSYS、AMOVA软件使用心得.pdf

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1、前言做分子标记的同学都知道，数据分析基本全靠软件。目前网上有很多软件可以用，POPGENE、NTSYS、AMOVA是最常用的，几乎所有文献中都有用到这三种，另外如果要计算异交率、自交率还要用到MLTR软件，但是这个软件我在网上找了好久都没有中文的使用说明，自己摸索了一段时间，虽然数据格式算是弄懂了，但数据分析时参数的设置还是搞不懂，所以索性没用这个软件分析了。我的课题是用ISSR检测遗传多样性的，当时在网上搜罗软件的时候就发现，各种软件都有热心网友进行了总结，也写了使用攻略，只是一般都是单个软件写的，找起来

2、挺麻烦，当时找了好几个论坛才找齐，所以我当时对自己说，等我写好论文，我要把这些软件的使用方法全总结在一起，方便大家使用，现在论文撰写总算告一段落了，也该实践这个承诺了。下面我就依次把POPGENE、NTSYS、AMOVA的使用方法通过图文的方式展现给大家，数据用我自己论文的数据。不过我的水平有限，也只会对有限的几个参数进行检测，这篇文章也只能作抛砖引玉了，希望有更多的朋友把自己的心得发上来，如果有会用MLTR的也希望能把使用方法拿出来共享一下啦！生物秀ID：bobolove第一部分POPGENE1.32PO

3、PGENE这个软件可以用来测很多遗传多样性参数，包括等位基因数（Na，Ne）、Nei’s遗传多样性指数（He）、shannon’s多样性信息指数（I）、多态位点百分率（PPB）、遗传分化值（Gst）、基因流（Nm）、遗传距离等等，是用来检测遗传多样性最普遍的软件，使用起来也不难，只要把数据格式弄好就可以了。1.1数据格式数据格式在所有软件使用里都是最重要的，把我们检测到的条带在EXCLE里转换成01矩阵后，要再输入TXT里才能在POPGENE中使用。图1-1是在TXT文档里的数据格式。图1-1POPGENE

4、数据格式1.2打开软件，载入数据依次执行：file→loaddata→dominatemarkerdata(对ISSR来说是显性标记)→目标TXT文档，打开后如图1-2所示。图1-2POPGENE打开数据界面1.3数据分析依次执行：dominant→diploiddata→在checkall选项上打勾，OK→接下来全部点OK（如果你不想保留全部位点或者居群或者想把居群分为几个组来比较的话可以留意这里的选项）。好了，结果出来了，如图1-3~图1-8所示图1-3POPGENE分析结果图1-4遗传多样性指数图1-

5、5多态性位点百分比图1-6遗传分化系数和基因流图1-7遗传距离和遗传一致度图1-8基于遗传距离的聚类1.4结果的保存在结果界面直接右键另存为TXT就可以啦，不要保存为doc哦，因为真的不好看。是不是很简单呢，好了，POPGENE的使用就介绍到这里了，还有不少其他参数，请大家自己研究啦。第二部分NTSYS2.1NTSYS这个软件呢，据说是很强大的，不过我只会用来做聚类分析啦，这里介绍两种聚类分析，一种是对个体聚类，一种是对居群聚类。2.1对个体聚类2.1.1数据格式和POPGENE一样，数据的格式是成功的关键

6、。首先，新建一个excle文档，注意，最好是2003的哦，其他格式处理起来比较麻烦，推荐大家把文档保存为2003版的。然后，输入所有个体的数据，格式如图2-1所示，其实这里可以利用POPGENE的数据，只要会使用“转置”功能就可以了，不会的同学去百度一下吧，很简单的。当然，这个数据是给我们看的，软件看不懂哦，要把数据处理为它能看懂的，这里软件自带了数据转换的功能。转换之前必须把刚才的excle表格关掉，否则软件无法打开数据的。打开软件，执行：file→editfile→文件类型选择xls，选择我们的数据，如

7、图2-2所示。在这个界面，执行：file→savefileas→输入文件名，比如保存为A.NTS。好了，初步的数据处理完成了。图2-1NTSYS数据格式图2-2数据格式化2.1.2数据分析回到NTSYS程序的主界面，依次执行：similarity→qualitativedata→inputfile(即刚才的A.NTS文件)→outputfile（输入文件名，例如B.NTS）→compute，如图2-3。计算完成后显示画面如图2-4。继续执行：clustering→sahn→inputfile(即刚才的B.N

8、TS文件)→outputfile（输入文件名，例如C.NTS）→incaseofties(这里选择find)→compute，如图2-5。这里需要注意的一点是，有时候需要调整maximumno.tiedtrees，不过具体什么原理不太懂，如果能正常出结果就不需要调，反正自己试试就可以了，我调到60才能出结果（图2-6）。图2-3数据分析1图2-4数据分析2图2-5数据分析3图2-6数据分析42.1.3聚类图最后一