ntsys-pc2.02图解使用说明

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1、NTsys-pc2.02图解使用说明Editbymycobio2004.111数据的录入方法：1.1利用Ntedit直接录入数据0、1二元数据中的数据缺失记为2。其中列标可以写为样品编号，在No.rows栏中写入0、1数据总数，No.cols栏中写入样品总数。文件另存为*.nts格式。1.2从excel表中直接读入数据Excel表中输入数据格式如下图。A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见上图。文件另存为*.Nts格式1.3Ntsys-pc可以直接运行*

2、.phy格式的文件（由phylip和phytool产生）1.4DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。建议大家使用phylip或者其他的软件。DNA序列数据在Excel中输入格式如下：1.5其他数据的Excel输入如下2聚类分析Ntsys-pc2.02界面如下以下以图中数据为例介绍聚类过程：2.1首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。Coefficient通常选用SM或DICE，结果输出到另一文件。2.2以上步的结果作为inputfile利用Clustering程序组中

3、的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximumno.tiedtrees至少大于样品数。Njoin程序组界面如下，rootingmethod可以选用Outgroup，但需输入外元。2.3将SHAN或NJoin方法得到的treefile文件输入到Graphics程序组中的treeplot程序中计算得到树图如下利用options可以对树图进行描述与处理.在此略去.2.4一致性分析：可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树

4、之间的分析，则只输入到inputtree1file即可。通常多选用MAJRUL方法2.5其他数据的聚类方法与此类似，在此不再赘述。这是很久以前整理的，最早贴在这里，有兴趣的可以看看。http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=10&id=1354147&sty=1NTSYSpc软件的使用：(1)利用NTSYS软件计算品种间遗传距离1．将已赋值好的Excel文件放于桌面，假设命名为A.xls，保存为Microsoftoffice5.0/95工作薄形式。Excel文件格式设成软件识别的模式，即A

5、1=1，表示出现等位基因；B1=132，表示等位基因数，C1=189表示品种数；D1=0表示不出现等位基因。从A3开始，在第一列标上所有的SSR引物，从B2开始，第二行标上所有的品种名，由此得到一个数据矩阵。2．双击NTSYS软件，选择file→editfile，选择A.xls文件，将出现NTedit1.2编辑器，点击file→salefileas选项，将导入的Excel文件转换为软件识别的格式，命名为A-1.NTS文件。3．点击Ntsyspc2.1界面的“Similarity”，点击“Geneticdistance”

6、；在Inputdatafile中输入A-1.NTS；在Outputfile中输入A-2.NTS，点击Compute；则计算好的遗传距离放在A-2.NTS文件中。4．点击Ntsyspc2.1界面的output&transf→output→Inputfile，选择A-2.NTS，即可查看到品种间的遗传距离。(2)利用NTSYS软件构建树状图1．双击NTSYS-PC，点击similarity→Qualitativedata→Inputdatafile,选择A-1.NTS文件，在Outputfile中输入B-2文件，点击Com

7、pute；2．点击clustering→SHAN→inputfile，选择B-2→Outputfile中输入B-2文件→Incaseofties改为Find→compute计算完成。3．点击Graphics→treeplot→inputfile，选择B-3→compute，即可出现聚类图。4．点击TreePlot界面上的Options→plotOptions；会出现一个对话框，里面可对聚类图进行页面显示等相关操作。点击TreePlot界面上的Edit项，可进行复制等操作楼主的结果正是我想要的，我的问题就在于最开始的ex

8、cel数据怎么input的问题，总是提示我格式不对什么的～～我不知你是怎么做的,你按照以下的方法试试,DDE和OLE格式可能与microsoftoffice的版本有关,使用OLE方式应该就没有什么问题了.如果还不行那就是软件的问题了.4．5．6．7．2.5其他数据的聚类方法与此类似，在此不再赘述。应楼主的要求,将前些天的帖子按标准